Summary Biochemistry

-
ISBN-10 1429276355 ISBN-13 9781429276351
617 Flashcards & Notes
52 Students
  • This summary

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

This is the summary of the book "Biochemistry". The author(s) of the book is/are Jeremy M Berg, John L Tymoczko, Lubert Stryer. The ISBN of the book is 9781429276351 or 1429276355. This summary is written by students who study efficient with the Study Tool of Study Smart With Chris.

Summary - Biochemistry

  • 9 Catalytic Strategies

  • Wat is asymmetrische synthese?

    Asymmetrische synthese is een chemische synthese waarbij uit een niet-chiraal molecuul een chiraal molecuul wordt bereid met een bepaalde ruimtelijke structuur.

  • Wat is een kinetische resolutie?

    Een kinetische resolutie is een manier uit een racemisch mengsel de twee enantiomeren te scheiden, omdat de één sneller reageert dan de ander. Als gevolg zal eerst het makkelijkst reagerende substraat omgezet worden, voordat het ander reageert.

     

  • 9.1 Proteases Facilitate a Fundamentally Difficult Reaction

  • Eiwitten moeten nadat ze hun functie uitgeoefend hebben afgebroken worden, zodat hun aminozuren opnieuw gebruikt kunnen worden. Proteases splijten eiwitten door middel van hydrolyse. Hierdoor wordt de peptide binding tussen twee aminozuren gebroken.

  • Wat is een serine hydrolase?

    Een protease die de peptidebinding splitst d.m.v. hydrolyse, waarbij een Serine het substraat bindt.

  • Wat is een catalytic triad?

    Dat zijn de drie aminozuren in een enzym die het katalytisch proces uitvoeren. In serine hydrolases zijn dit vaak aspartaat, histidine en serine.

  • Chymotrypsin is een serine hydrolase die covalent katalyseert. Dit betekent dat het in twee stappen een eiwit splitst, waarbij er een covalent gebonden intermediar in de cyclus zit.

  • Tijdens het binden van een enzym aan een substraat wordt het substraat herkend door pockets. De pockets zijn zijtakken van aminozuren en zitten naast de binding die verbroken worden. De pockets links (N-terminaal) van de binding heten S1, S2, etc. en de pockets rechts S1', S2', etc.

  • Wat is het verschil tussen P en S, aangaande pockets?

    De P-gelabelde groepen zijn de zijketens van aminozuren,  en de overkoepelende site is met S gelabeld.

  • 9.5 Protein Engineering

  • Om in een eiwit aanpassingen te maken qua selectiviteit moeten er mutaties aangebracht worden in of bij de active site van het eiwit. Om aanpassingen te maken qua stabiliteit moeten er aanpassingen aangebracht worden op het oppervlak van het eiwit.

  • Om de stabiliteit van een eiwit te verbeteren kunnen de volgende aanpassingen aangebracht worden: reducering van de entropie van de gevouwen toestand, minder vrijheidsgraden en kleinere bindingshoeken, introductie van S-bruggen, betere interne H-bruggen, opvulling van hydrofobe cavities.

  • Hoe kan de stabiliteit van een eiwit verbeterd worden?

    Door het reduceren van de entropie van de gevouwen toestand, minder vrijheidsgraden en kleinere bindingshoeken, introductie van disulfidebruggen, betere interne waterstofbruggen en de opvuling van hydrofobe cavities.

  • Hoe kan de thermostabiliteit verbeterd worden?

    Door nieuwe zoutbruggen aan te maken, de dimerisatie te verbeteren en de metaalbinding te verbeteren.

  • De thermostabiliteit van een eiwit kan verbeterd worden door het aanmaken van nieuwe zoutbruggen en het verbeteren van dimerisatie en metaalbinding.

  • Wat is Directed Evolution?

    Het genereren van veel mutaties en daarvan een mutantenbibliotheek maken. Uit deze bibliotheek de gewenste eigenschappen selecteren via life or death, colorometrie/fluorescentie of whole-cell biotransformations (96 Well-plaat).

  • Het genereren van variant-gene libraries kan door middel van error-prone PCR, gelocaliseerde randomisatie van codons, mutator strains, gene shuffling en family shuffling.

  • Wat is error-prone PCR?

    Error-prone PCR is het reduceren van de nauwkeurigheid van de DNA polymerase, hierdoor zijn er echter weinig mutaties is één codon, dus veel silent mutations

  • Wat is gelocaliseerde randomisatie van codons?

    Het uitproberen van alle mutaties voor alle codons in het eiwit. Hierdoor is er echter geen synergie tussen mutaties van meerdere codons.

  • Hoe werken mutator strains?

    Door DNA in organismes te zetten die slecht DNA repareren. Dit is echter in vivo, dus langzaam en slecht beïnvloedbaar.

  • Wat is gene en family shuffling?

    Gene shuffling is het willekeurig fragmenteren en mixen van stukken DNA. Bij family shuffling gebeurt dit met homologe genen uit verschillende organismen.

Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

2.4 erwer`
werwerwe`
dfsdf
sdfsdfs
To which category belongs Asparagine?
Asn
N
Polar (but uncharged) amino acids. Uncharged derivative of acidic aspartate, it contains a carboxamide instead of carboxylic acid (NH2 instead of OH).
To which category belongs Arginine?

Arg
R
Positively charged amino acids (highly hydrophilic). It has a long side chain that ends in positive charged groups (at neutral pH)
To which category belongs Alanine?
  • Ala
  • A
Hydrophobic amino acids. Has a methyl group (CH3) for R.
To which category belongs Histidine?
Positively charged amino acids (highly hydrophilic). It contains an imidazole group, an aromatic ring that has a pKa value near 6. So at neutral pH it can be uncharged or positively charged depending on its local environment. It is often found at reactive sites, where the imidazole ring can bind and release protons in the course of enzymatic reactions
Which amino acid isomer is most common?
The L-isomer with S absolute configuration. (because this is more soluble than a racemic mixture L/D)
side chains
variable part
Main chain of backbone 
regularly repeated part
convergent evolution
erg verschillende evolutionaire processen naar dezelfde oplossing leiden.