Summary Brock biology of microorganisms

-
ISBN-10 032173551X ISBN-13 9780321735515
625 Flashcards & Notes
25 Students
  • These summaries

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

Summary 1:

  • Brock biology of microorganisms
  • Michael T Madigan
  • 9780321735515 or 032173551X
  • 13th ed., global ed.

Summary - Brock biology of microorganisms

  • 3 Cell Structure and Function in Bacteria and Archea

  • wat zijn macro-nutrienten?
    nutrienten waarvan grote hoeveelheden van nodig zijn.
  • wat zijn micro-nutrienten?
    nutrienten waar maar een klein spoor nodig van zijn.
  • welke elementen zijn essentieel voor levende sytemen?
    waterstof (H)
    zuurstof (O) 
    koolstof (C)
    stikstof (N)
    fosfor (P)
    zwavel (S)
    seleen (Se)
  • waar bestaan microbiële cellen vooral uit?
    70-80% uit water
    macromoleculen zoals: eiwitten, nucleïne zuren, lipide, polysaccharide
    monomeren: amino zuren, nucleotide, vetzuren, suikers
    DNA en RNA
  • hoe wordt koolstof verkregen in een prokaryote cel?
    van aminozuren, vetzuren, organische zuren, suikers, stikstof bases, aromatische samenstellingen en andere organische samenstellingen.
  • vitaminen zijn de meest normale groeifactors die nodig zijn.
  • wat is een cultuur medium?
    het is een nutrient oplossing die gebruikt wordt om micro-organismen te laten groeien.
  • hoe worden een gedefineerd medium gemaakt?
    wordt gemaakt door precieze hoeveelheden van pure inorganische of organische chemicalen toe te voegen aan demiwater. met veel koolstof.
  • hoe worden complexe media gemaakt?
    ze worden gemaakt van vertenteerde microbe, dieren of planten producten.
  • wat hebben selectieve media?
    ze hebben stoffen die de groei van somige organismen bevorderen en voor andere micro-organismen niet.
  • wat hebben differentiele media?
    deze bevatten een indicator (meestal een kleur die toegevoegd is) waardoor er een kleuromslag is te zien, vooral als er metabole reacties ontstaan.
  • wat is een aseptiches techniek?
    een serie of stappen om comtaminatie te voorkomen van sterile media.
  • wat zijn chemotrophs?
    organismen die energie gebruiken van chemicaliën.
  • wat zijn chemoorganotrophs?
    organimens die organische chemicaliën gebruiken als energie.
  • wat zijn aerobe organismen?
    organismen die energy halen uit organische vormen alleen als er zuurstof aanwezig is.
  • wat zijn anaerobe organismen?
    organismen die energy halen uit organische vormen zonder de aanwezigheid van zuurstof.
  • wat zijn chemolithotrophs?
    organismen die energy gebruiken die vrijkomt bij de oxidatie van inorganische stoffen  (dit metabolisme heet chemolithotrophy).
  • wat zijn phototrophs?
    micro-organismen die pigmenten hebben zodat ze licht om kunnen zetten in chemische energy en ze hebben dus geen chemische stoffen nodig.
  • welke twee vormen van phototrophy zijn er?
    oxygenic photosynthesis: zuurstof wordt geproduceerd. (cyanobacteria, algae)
    anoxygenic photosynthesis: produceren geen  zuurstof (purple en green bacteria, heliobaceria)
  • wat zijn hetrotrofe organismen?
    de koolstof is verkregen uit sommige organische chemicaliën.
  • wat zijn autotrofe organismen?
    zei gebruiken koolstof dioxide als koolstof bron.
  • zijn chemoorganotroofs hetrotroof of autotroof?
    hetrotroof
  • zijn chemolithotroofs hetrotroof of autotroof?
    autotroofs
  • zijn phototroofs hetrotroofs of autotroofs?
    autotroofs
  • wat is vrije energy (free energy)?
    de energy die beschikbaar is om werk te doen.
  • wat is een exergonische reactie?
    heeft een negatieve delta G en de reactie geeft vrije energy, energy die de cel gebruikt als ATP
  • wat is een endergonische reactie?
    heeft een positieve delta G en de reactie heeft energy nodig om de cel voort te zetten.
  • wat is activation energy?
    het is de energie die nodig is om alle moleculen in een chemische reacite in een reactive staat te brengen.
    het verbreken van chemische bindingen heeft energy nodig (dit is activatie energie).
  • wat is een catalyst?
    en substancie dat de activatie energy van een reactie verlaagd, waardoor de reactie rate toeneemd. (catalysten worden niet consumed of getransformeerd).
  • wat zijn biologische catalysten?
    enzymen
  • er zijn twee klassen kleine moleculen gebaseerd op hoe ze reageren met het enzym?
    prosthetic groups en coenzymes
  • hoe werken prosthetic enzymen?
    ze binden heel strak aan hun enzymen meestal covalenty en permanent (komen voor in cytochromen).
  • hoe werken coenzymes?
    ze binden losjes aan enzymen en een coenzyme kan verbinden met verschillende enzymen. (derivatives of vitamins)
  • wat moet er gebeuren om een specifieke reactie te catalyseren?
    een enzymen moet binden aan het substraat en postioneerd het substraat relatief aan specifieke aminozuren in het enzyme zen active site.
  • wat gebeurt er bij coupling van energy requiring naar energie yielding reactie?
    er meot niet alleen activation energy barriere overkomen worden er moet ook energie toegevoegd worden om het energy level te verhogen van het substraat ten opzichte van de producten.
  • wat is een redox reactie?
    een reactie waar een electron en proton geoxideerd worden.
  • wat is een electron donor?
    een substantie die geoxideerd is.
  • wat is een electron acceptor?
    een substancie die gereduceerd is.
  • wat is een reductie potentieel?
    the inherent tendency, measured in volts under standard conditions, of a compound to donate electrons.
  • waar bestaat ATP uit?
    ribonucleoside Adenosine waar 3 fosfaat moleculen aan gebonden zijn.
  • wat is de functie van ATP?
    het is de voornaamste energie vorm in alle cellen, energy word opgewekt bij een exergonic reactie en geconsumeerd in een endergonic reactie.
  • wat is fermentatie?
    een vorm van anearobe catabolisme waar een organische product een electron doner en acceptor is.
  • wat is respiratie?
    een vorm van earobe of anearobe catabolisme waarin een electron donor is geoxideerd met O2 of een O2 subsituut als de terminal electron acceptor.
  • hoe wordt ATP gesynthetiseerd in fermentatie?
    door substraat level fosforlatie
  • hoe wordt ATP gesynthetiseerd in respiratie?
    oxidative foforlatie.
  • wat is substraat level fosforlatie?
    de productie van ATP door het overbrengen van een energie rijk fosfaar molecuul van een gefosforyleerd organische element naar ADP.
  • wat is oxidatieve fosforylatie?
    de productie van ATP door een proton motive force gevormd door electron transport van electronen van organische of inorganische electron donors.
  • uit welke drie fases heeft de fermentatie van glucose door de glycolytic pathway?
    I preparatory reactions
    II redox reactie
    III redox balance
  • wat gebeurt er in de eerste fase (preparatory reaction) van de glycolytic pathway?
    glucose wordt gefosforyleerd door ATP in glucose 6- fosfaat en dan isomerized in fructose 6- fosfaat en een tweede fosforlatie leid tot fructose 1,6 - bifosfaat. het enzym aldolase splits de fructose 1,6 bifosfaat in drie moleculen glyceraldehyde 3 fosfaat en zijn isomeer dihydroxyacetone fosfaat, die omgezet wordt in glyceraldehyde 3 fosfaat.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Summary 2:

  • Brock biology of microorganisms.
  • Brock Michael T Madigan
  • 9780321536150 or 0321536150
  • 12th ed.

Summary - Brock biology of microorganisms.

  • 1 microorganisms and microbiology

  • Wat ontstaat er uit sulfaatreducerende bacterien?
    Sulfaatreducerende bacteriën maken van zuurstofhoudend sulfaat zuurstofloze sulfide en het overblijvende zuurstof gaat met waterstof een binding aan om water (H2O) te vormen.
  • Elke verbinding waar C, N en S in gereduceerde vorm voorkomt, kan als energiebron dienen voor bepaalde micro-organismen. Deze bevatten elektronen in de buitste schil, die gemakkelijk kunnen worden ontrokken.
  • oxidatie toestand geeft aan hoe geoxideerd of gereduceerd die stof is.
  • 1. De oxidatietoestand van een element in de elementaire vorm (bijv., H2, 02) is nul. 2. De oxidatietoestand van een ion of element is gelijk aan zijn lading (bijv., Na+ = +1). 3. In verbindingen is de oxidatietoestand van O bijna altijd -2, en die van H +1 (dit wordt complexer in sommige organische verbindingen). 4. De som van de oxidatietoestanden van alle atomen in een neutraal molecuul is altijd nul. H20 is neutraal, het heeft twee H’s met +1 elk en één O met -2. 5. In een ion is de som van alle oxidatietoestanden gelijk aan de lading van dat ion. Dus, in het OH- ion, O(-2) + H(+1) = -1 6. In simpele koolstofverbindingen kan de oxidatietoestand van C berekend worden door het optellen van het aantal H en O atomen en de oxidatietoestanden van deze elementen (gegeven in # 3) te gebruiken, omdat in een neutrale verbinding de som van de oxidatietoestanden nul moet zijn. De oxidatietoestand van koolstof in methaan, CH4, is -4 (4 H met +1 = +4). 7. In organische verbindingen met meer dan één C atoom mag je de oxidatietoestand van de C atomen gelijk laten zijn. De oxidatietoestand van elke C in glucose, C6H12O6, is nul en de oxidatietoestand van elke C in ethanol, C2H5OH, is -2.
  • 3 cell structure and function in bacteria and archaea

  • welke vormen kunnen bacterien hebben?
    Coccus/coc Rod/staaf Spirillum/spiril Spirochete/spirocheet
  • Vorm zegt weinig over eigenschappen van het organisme. pleomorf (Azotobacter, Arthrobacter, mycoplasma’s):organismen di everschillende vormen kunnen aannemen actinomyceten (lijken op schimmels)
  • Voordeel/noodzaak van klein zijn: O/V wordt groter naarmate cel kleiner wordt. Hogere voedselopnamesnelheid per eenheid van celvolume. Kleinere cellen groeien sneller dan grotere cellen.
  • Wanneer ontstaat er een heterocyst?
    Als er niet genoeg NH3, No3- en nitraat aanwezig is.
  • Archaea bezitten geen vetzuren, maar isopreen eenheden.
  • Organische verbindingen zijn moeilijk afbreekbaar en zijn een belangrijk bestanddeel van fossiele brandstoffen. Sterolen (eukaryoten) en hopanoiden (prokaryoten) zorgen voor stabiliteit in de celmembraan.
  • wat zijn de functies van het cytoplasmamembraan?
    1. Selectief permeabele “wand”: houdt verbindingen binnen en buiten 2. Plaats van eiwitten, enzymen betrokken bij tal van processen (o.a. transport en energiegenerering) en receptoren (chemotaxis) 3. Energieconservering: energiegenerering en opbouwen van “proton motive force”
  • Gram (+) Bacillus subtilis - 90% van de celwand bestaat uit peptidoglycaan - (lipo)teichoïnezuren hebben negatieve lading
  • De celwand onder te verdelen in: -Gram-negatief celwand; multilayer en complexe structuur. -Gram-positief celwand; veel dikker en slechts een soort type moleculen in de celwand. peptidoglycaan = stugge laag, bestaande uit polysacchariden. Teichoic zuren= zuren bestanddelen in gram positieve bacterien.
  • Peptidoglycaan kan vernietigd worden door het enzym lysozym, wat zich bevind in bv tranen. Protoplast = een bacterie die zijn celwand is verloren.
  • 1. Cytoplasmamembraan is een selectief permeabele “wand” - cytoplasma gevuld met zouten, suikers, aminozuren, nucleotiden, eiwitten, vitaminen, coenzymen, … … … - hydrofoob deel vormt barriëre, - hydrofiel deel is geladen (houdt ionen tegen), - transport gaat deels via diffusie, waarbij diffusie afhankelijk is van concentratieverschil (H2O via speciale eiwitten: aquaporinen)
  • Gram (-) Eschericha coli - 10% van de celwand bestaat uit peptidoglycaan - buitenmembraan: fosfolipiden, eiwitten en polysacchariden (LPS)
  • noem de Functies/eigenschappen van lipopolysacchariden:
    - negatieve lading - versteviging membraanstructuur - beschermt bacterie tegen aanvallen van buiten - lipide A is vaak giftig (= endotoxine)
  • Periplasma bevat veel eiwitten: hydrolytische enzymen, bindingseiwitten, chemoreceptoren. Ze worden aangemaakt in het cytoplasma.
  • Buitenmembraan is permeabeler dan cytoplasmamembraan door aanwezigheid van bepaalde transporteiwitten (porinen), zowel specifieke als a-specifieke. DE buitenmembraan wordt ook wel de polysaccharidelaag (LPS) genoemd.
  • dipicolinezuur: wordt in alle sporen gevonden
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Hoe werkt de citroenzuurcyclus?
  • C2 word gekoppeld aan C4 en je krijgt C6
  • C6 ondergaat een reactie en word C5
  • C5 ondergaat een reactie en word C4

Daarna begint het verhaal weer opnieuw. 

Electronen gaan de ademhalingsketen in en worden daar gebruik voor de protonmotiveforce.
Hoe haalt een anaeroob organisme adem?
Met hulp van een andere electronen acceptor dan water. Dus ook een stof waarmee de buitenste schil niet verzadigd is. NO3-, (geoxideerde stoffen)
aërobe en anaërobe micro-organismen, wat is het verschil
Aërooborganisme “haaltadem” met zuurstof (O2); elektronacceptor.

- Anaërooborganismehaaltadem met andereelektronacceptor van buitenaf:
wat is halofiel, osmofiel, xerofiel
een halofiel organisme kan goed groeien bij een extreem hoge zoutconcentratie.
halotolerant geeft aan dat het organisme wel kan overleven maar liever meer water bevat.

een osmofiel organisme kan uitsluitend groeien in een omgeving waar veel suikers aanwezig zijn.

een xerofiel kan overleven in een zeer droog milieu
hoeveel mol per liter H+ is er bij een pH van 0
1 mol per liter H+ en 14 OH-

bij een pH van 14 is er 10^-14 mol/liter H+ en 1 mol/liter OH-
wat zijn neutrofielen, alkalifielen en acidofielen?
neutrofielen houden van een neutraal milieu (pH tussen 5,5 en 7,9)
acidofielen groeien het beste in een pH onder de 5.5
alkalifielen groeien het beste in een pH boven de 8
wat voor invloed heeft temperatuur op de snelheid van chemische reacties?
er is een minimum, optimum en maximum temperatuur. vanaf het minimum naar het optimum verdubbeld de reactie snelheid ver 10 graden.
na de maximum temperatuur denatureren de stoffen.


psychrofielen houden van een lage temperatuur. Mesofielen hebben hun optima in de midde-range. thermofielen houden van een hoge temperatuur en hyperthermofielen hebben een heel hoog optimum.
hoe bereken je het aantal delingen? (n)

n=         log Nt-log N0
              ----------
                  log 2  Nt = het aantal bacterien op tijdstip t
  N0 = het aantal bacterien op tijdstip 0
wat is reductie en oxidatie?

>oxidatie is verlies of afgifte van elektronen
>  reductie is opname van elektronen
>  oxidatiereactie is altijd gekoppeld aan een reductiereactie
>   zuurstof is er niet of nauwelijks bij betrokken


>   niet elke stof wordt even graag geoxideerd of gereduceerd
>   dit wordt weergegeven door de reductiepotentiaal  van de halfreactie [= evenwichtsconstante]     (E0’, standaard condities, uitgedrukt in volts(V)
hoe lager de redoxpotentiaal, hoe makkelijker de afgifte van elektronen. 

H2 is een goede elektronen donor (ox), O2 is een goede elektronen acceptor (red)
welke 2 macromoleculen worden voornamelijk gebruikt om een cel van stikstof te voorzien?
NH3 en NO3-