Summary Class notes - Biochemie

Course
- Biochemie
- Chris Vos
- 2019 - 2020
- Vrije Universiteit Amsterdam
- Medische Natuurwetenschappen
370 Flashcards & Notes
3 Students
  • These summaries

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

Summary - Class notes - Biochemie

  • 1612047600 Hoofdstuk 1.1 Introductie tot cellen.

  • Waarom wordt een virus beschouwd als niet levend materiaal
    Een virus bevat erfelijk materiaal en eiwitten maar het kan zich niet zelf repliceren zonder hulp van een gastheercel. De reden dat het zich niet zelf kan repliceren is omdat virussen niet zelf energie kunnen genereren om replicatie mogelijk te maken.
  • Waaruit zijn alle organismen opgebouwd?
    Alle organismen zijn opgebouwd uit één of meer cellen daarom worden cellen ook wel de fundamentele eenheid van het leven genoemd. Een nieuwe dochtercel ontstaat alleen uit ouder moedercellen.
  • Wat zijn overeenkomsten op tussen organismen op moleculair niveau
    1. Membranen
    2. Genetisch informatie.
    3. Productie van energie
  • Wat is de definitie van evolutie
    Alle huidige organismen stammen vermoedelijk af van één primitieve ééncellige voorouder.


    evolutie --> mutatie + selectie.

    Overeenkomsten in cellen ondersteunen de evolutietheorie, aangezien dit verklaard kan worden door één cel met bepaalde eigenschappen die in meerdere dochtercellen is geëvolueerd. Voorbeeld : de productie van energie in veel celtype is geconserveerd 
  • Wat is de juiste volorgie van het centrale dogma?
    Replicatie --> transcriptie --> translatie.
  • Wat is een lichtmicroscoop?
    Een lichtmicroscoop maakt het mogelijk om iets waar te nemen op cellulair niveau. Hierdoor is het mogelijk geweest om de onderdelen van cellen te kunnen bekijken.  

    Ook wordt er dankzij een lichtmiscroscoop gekeken naar fluorescentie. Hierbij wordt gebruik gemaakt van een fluorescent eiwit. 

  • Wat is een andere manier buiten lichtmicroscopie om een cel nog nauwkeurige te analyseren?
    1. Electronenmiscroscopie. Hierbij kan tot 1 nm zichtbaar gemaakt worden.

    2. Atomic force microscopie (AFM)
    Details weergeven om atomair niveau.
  • 1612479600 Hoofdstuk 1. Samenvatting Chris

  • Wat zijn cellen en wat is hun functie
    Cellen zijn de kleinste fundamentele eenheid van een organisme en als functie zijn cellen bouwstenen van weefsels. Weefsels bestaan uit dezelfde soort cellen met dezelfde vorm en functie.
  • Wat is het onderscheid tussen prokaryoten en eukaryoten?

    Het grootste verschil tussen eukaryoten en prokaryoten is het hebben van een celkern. Prokaryoten hebben geen celkern, het DNA ligt los in de cel. Eukaryoten hebben wel een celkern waarin het DNA zich bevindt. Daarnaast hebben prokaryoten minder organellen dan eukaryoten en zijn ze minder ingewikkeld. 
  • Welke organellen hebben zowel prokaryoten als eukaryoten?
    Ribosomen, cytosol en plasmamembraan.
  • Noem de structuur en functie van de belangrijkste organellen in een dierlijke cel.
    1. Celkern bestaande uit 2 membranen genaamd de nuclear envelop. In de celkern bevindt zich het erfelijke materiaal war wordt opgeslagen in DNA strengen. De DNA strengen zelf gaan niet uit de celkern maar wel een kopie daarvan ( Messenger DNA). 

    2. Endoplastisch reticulum (ER) --> Bestaande uit 1 membraan met als functie het vormen van ruwe eiwitten die nog niet hun definitieve functie en vorm hebben. Deze eiwitten worden gevormd door Ribosomen en vervolgens via afsnoeren van blaasjes vervoerd naar het Golgi apparaat. 

    3. Het Golgi apparaat --> Bestaande uit 1 membraan met als functie de uiteindelijke vorm en functie van eiwitten reguleren. Verder krijgen eiwitten hier hun definitieve bestemming wat kan zijn naar de lysosomen waar vagosystose plaats zal vinden of via vesicle transport getransporteerd worden naar de buitenkant van de cel. 

    4. Mitochondrien--> Bestaande uit 2 membranen waar het voedsel wat verteerd is kan worden opgenomen en worden afgebroken tot ATP,

    5. Lysomen--> Kleine ongewone organellen waar de vertering ook wel vagocytose kan plaatsvinden. 
  • Welke 8 modelsystemen zijn er ? ( Denk hierbij aan het modelsysteem voor prokaryoten, eukaryoten, planten en de 5 modelsystemen voor dierlijke cellen. )
    Prokaryoten.
    - E.coli

    Eukaryoten.
    - Bakkersgist. 

    Planten. 
    - Zandraketjes. 

    Dierlijke cellen. 
    1. Fruitvliegjes --> Genetische ontwikkeling en embryonale ontwikkeling. 

    2. C.elegan (platworm) --> Cellen. 

    3. Zeebravis --> Immuunsysteem en infecties.

    4. Muizen en ratten --> Pathofysiologie 

    5. Cellijnen--> onderzoeken van de specifieke cellijn.  
  • 1612652400 Hoofdstuk 2. 1 moleculaire interactie en de chemie van het leven

  • Op welke drie aspecten is de biochemie gepasseerd?
    Het is vooral de chemie van koolstof met milde omstandigheden. De pH is redelijk neutraal, behalve de archeabacteriën wat een groep bacteriën zijn die zich heeft geëvolueerd gedurende de evolutie. Deze baceterie komen voor op plekken waar omstandigheden zijn waar de chemie iets anders moet zijn. Hun biochemie moet daarop ook op afgestemd worden, daarbij moeten de enzymen bestand zijn tegen allerlei omstandigheden. 

    Belangrijke moleculen in de biochemie zijn DNA, suikers en eiwitten wat voorbeelden zijn van hele grote polymeren   

    De verzamelde reactie die plaatsvinden in een cel die er voor zorgen dat de cel zich kan delen, arbeid kan verrichten en zijn functie kan uitvoeren zijn allemaal strikt gereguleerd. Dat betekend dat elke reactie in de juiste plaats, moment en mate plaatsvindt.  
  • Van welke atoom is biochemie ook wel de chemie?
    Koolstof
  • Wat is het verschil tussen een ionische binding en een covalente binding

    Ionische binding Bij een ionische binding vindt er een reactie plaats tussen atomen waarbij het ene atoom een elektron afstaat en het andere atoom een elektron opneemt om op deze manier de beide orbitals te vullen.  Hierbij wordt het ene atoom positief geladen en het andere atoom negatief geladen. 

    Covalente binding. 
    Om een orbital vol te maken worden er elektronen gedeelte. 
  • Welke covalente en niet covalente binding soort zijn er?
    Niet covalente binding soorten:
    1. Ionische bindingen
    Ion binding is alleen wel tamelijk zwak in waterig omgeving. 

    2.Waterstofbruggen waarbij er door een verschil in lading een netwerk kan worden gemaakt van atomen waarbij de positieve delen van het watermolecuul een interactie aangaan met het negatief gedeelte van een ander molecuul.


    3. Van der Waalsbindingen. 

    4. Hydrofobe of hydrofiele interacties. 

    Volgorde op sterkte: 1. Ionische bindingen, 2. Waterstofbruggen en 3. V.d. Waalsbinding. 
  • Wat zijn eigenschappen die horen tot hydrofiel en hydrofoob?
    Hydrofiel 
    - Waterbindend 
    Polaire of geïriseerde stof 
    In staat H-bruggen met water te vormen. 

    Hydrofoob. 
    - Waterafstotend. 
    Apolaire stoffen 
    Geen vorming van H-Bruggen mogelijk. 
  • Uit welke monomeren worden de vier belangrijke macro polymeren opgebouwd?
    1. Vetten en lipiden ---> glycerol en vetzuren.  

    2. Eiwitten --> Aminozuren 

    3. Suikers--> Koolhydraten --> polysachariden 

    4. Nucleinezuren --> nucleotides. 
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Summary - Class notes - Biochemie

  • 1475445600 college-03-10-2017-linskens

  • Waarom lijken RNA-polymerase voor pro en eukaryoten veel op elkaar
    RNA-polymerase, voor prokaryoot en eukaryoot grote overeenkomsten, door gemeenschappelijke evolutie.

    Er komen 2 metaalionen in voor waarvan 1 wordt meegenomen door het nucleotide dat wordt ingebouwd
  • Hoe ziet RNA-polymerase eruit bij prokayoten
    -complex van eiwitten
    -meerdere subunits o.a. sigma
    -bedekt ongeveer 30 basen van DNA en haalt de
    dubbele structuur los (15 basen open) binnen het complex.
    -Aan beide kanten van het complex moet de draaiing
    worden hersteld door topoisomerases.
    -De synthese is “De Novo” dus aan het begin
    bij de eerste base nog 3 fosfaten.
    -Gebruikt DNA template
  • Hoe is de betrouwbaarheid van RNA-polymerase
    Betrouwbaarheid.
    10 tot  de min 4e tot 10 tot de min 5e en dat is voldoende.
    (Een heel groot gen is 3000 basen.)
    (een bacterie doet er ongeveer 60 seconden over om een mRNA te synthetiseren. )

     
    Een belangrijk mechanisme voor herstel is het vermogen van RNA polymerase om terug te gaan en te hydroliseren en te herstellen.
  • Hoe herkent Prokaryoot RNA-polymerase de plaats waar het moet beginnen ?
    Pos -10 TATAAT (TATA-box) en op -35 herkenningssequentie.
    De sigma subunit herkent de plekken op -10 en -35, de afstand is
    dus van belang.
    RNA-polymerase gaat over de DNA tot de sigma-unit de -10 en -35 herkent en klampt dan vast en begint synthese en dan valt de sigma-unit eraf en gaat de RNA-polymerase er nog vaster op zitten en gaat verder. Het is van belang dat het goed vast zit want het moet in 1 keer goed tot het einde.
  • Wat is een promotor-site
    Het startgebied noemen we de promotor site. (-1 tot -50). Er kunnen promotorsites voor verschillende omstandigheden zijn. Zoals heatshock-promotor. 
    Als er te warme omstandigheden zijn komt er een andere sigma-unit en die herkent dan dus de heatshock-promotorsite en dan worden er dus andere mRNA's gemaakt die geschikt zijn voor warme omstandigheden.
  • Hoe werkt het beeindigen van de transcriptie door RNA-polymerase
    1-hairpin met daarna UUUU 
    2-Op mRNA een bepaalde sequentie en Rho-eiwit 
    3-Riboswitch, een 3d vorm ontstaat die met een bepaalde stof  (FMN) een hairpin maakt op een paar basen verder. Dit stopt de aanmaak verder. Als er geen stof is (geen FMN) dan komt die hairpin in de 3d structuur te zitten en remt dus niet en wordt er wel verder mRNA gemaakt.
  • Zijn er post-translationele modificaties in prokaryoten
    Wel in tRNA en rRNA, maar vrijwel niet in mRNA.
  • Hoe werken antibiotica die de mRNA transcriptie remmen
    Remming door antibiotica;  rifamphicine, gaat binden in bacteriele RNA-polymerase op de plek waar normaal de RNA-DNA hydride zit. Dus effectief stoppen aanmaak mRNA.
  • Geef aan waarin een eukaryoot verschilt met een prokaryoot t.a.v. transcriptie
    -Heeft een kern
    -Lineair DNA
    -RNA wordt meer bewerkt (in de kern)
    -Eiwitsynthese niet tegelijk met synthese RNA
  • Geef aan welke RNA-polymerases er zijn bij eukaryoten
    Er zijn 3 klassen polymerases er zijn dus ook 3 soorten promotors. Voor elke RNA-polymerase een soort promotor.
    Type I maakt rRNA.
    Type II maakt mRNA.(belangrijkste)
    Type III maakt tRNA en rNRA
  • Hoe is de herkenning voor RNA polymerase II bij eukaryoten.
    Positie -25 TATAA-box en op -75 andere herkenningsregio.
    Ongeveer net zoals bij prokaryoten.
     
    TBP(TATAA Bindings Proteine) kan de TATA-box herkennen en op de TATA-box komt TBP(TATAA binding protein) en daar vormt zich een complex van de RNA-polymerase.

    De staart van het complex moet gefosforyleerd worden en dan begint de transcriptie. Door al of niet te fosforyleren is dus regulatie van transcriptie mogelijk. Fosforylering gebeurt vaak door eiwitten (transcriptiefactoren) die verder terug voor de TATA-box aan het mRNA gaan zitten.

    Denk hierbij aan heatshock eiwitten en die gaan aan herkenningssequenties voor heatshock eiwitten zitten en daardoor transcriptie te laten plaatsvinden voor bepaalde eiwitten die helpen tegen de hitte te kunnen.
  • Welke post-transcriptionele modificaties zijn er bij eukaryoten.
    Er is post-transcriptionele modificatie van rRNA en tRNA door verandering van bepaalde basen en aan mRNA bijvoorbeeld het plaatsen van de 5'Cap en de poly-A staart. Ook is er specifieke baseverandering door specifieke enzymen op mRNA en splicing.
  • Wat is het voordeel van post-transcriptionele modificatie van bijvoorbeeld specifieke basen en splicing.
    Meer mogelijkheden met zelfde transcript.
  • Hoe ontstaat de poly-A staart
    Aan het eind zit een cleavage-signaal op het mRNA en endonuclease knipt na dat signaal af en dan wordt de poly-A staart erop gezet door poly-A-polymerase.
  • Wat zijn small nuclear RNA's
    Dat zijn snRNA's en die zijn betrokken bij de splicing
  • Wat is een spliceosoom
    Spliceosoom zorgt voor de splicing.
    Vormt een ringcomplex zodat de 2 splice sites dichter bij elkaar zijn.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Summary - Class notes - Biochemie

  • 1409695200 Hoofdstuk 1

  • Wat zijn kenmerken van leven?
    1. Ingewikkeld, maar georganiseerd
    2. Energie behoefte
    3. Reactie op omgevingssignalen
    4. Vermogen tot repliceren ( voortplanten)
    5. Evolutie, niet noodzakelijk voor leven
  • Welke atomen komen niet voor in levende wezens?
    Si en Al (silicium en aluminium)
  • Koolstof komt relatief niet veel voor in de aardkorst
  • Water is het belangrijkste molecuul voor het leven, hier zitten de rest van de belangrijke moleculen in opgelost. Al het leven speelt zich af in water.
  • Dipool van water zorg voor sterke cohesie tussen de moleculen
  • Waaruit bestaan de belangrijkste moleculen van het leven?
    C,N,O en H
  • Door waterstofbruggen ontstaat er een sterke cohesie tussen watermoleculen. Bij ijs zijn er 4 waterstofbruggen per molecuul en en bij water zijn er 3.4 waterstofbruggen per molecuul.
  • Waarom heeft de thermische energie wel invloed op op moleculen en geen invloed om voorwerpen?
    Omdat voorwerpen een grotere massa hebben, de zwaartekracht houd het voorwerp op zijn plek. Moleculen zijn zo klein dat de zwaartekracht er bijna geen invloed op kan hebben. Door de thermische energie worden ze constand heen en weer bewogen.
  • Hoe houden levende organismen hun pH constant?
    Door middel van buffers
  • De thermische energie van een watermolecuul bij 300K is 4kJ/mol, dit is weinig. Covalente bindingen zijn sterk ze hebben en thermische energie van  400 kJ/ mol dit is veel.
  • Covalente bindingen zijn gelijkwaardig, er is dus geen voorkeur voor een bepaalde binding
  • Welke soort binding is sterker een dubbele of een enkele en waarom?
    Dubbele, omdat de thermische energie onvoldoende is om de binding te roteren, dit kan bij enkele bindingen wel.
  • Molcuulen met de binding volgorde: enkel-dubbel-enkel-... nemen vaak fotonen op.
  • Wat betekend zwitterionisch?
    Het molecuul is wel op een paar plaatsen geladen, maar de netto lading is 0
  • Een koolwaterstof zonder functionele groepen komen bijna niet voor in levende organismen
  • Wat betekend alifatisch?
    Dat er alleen maar C en H atomen in het molecuul zitten.
  • Apolaire stoffen zijn slecht oplosbaar in water; Polaire en geladen moleculen juist goed.
  • Waarom kunnen polaire moleculen zoals water goed oplossen in water?
    Omdat ze goed waterstofbruggen kunnen vormen
  • Rode atomen zijn zuurstof
    Blauwe atomen zijn stikstof
    Witte/Grijze atomen zijn koolstof en waterstof
    Gele atomen zijn zwavel
  • Moleculen van het leven:
    1. Zijn opgebouwd uit koolstof ketend
    2. Hebben functionele groepen (-OH, -NH, -SH, -COOH, -NH3+) 
    3. Hebben vormen (3D)
  • Welke  niet-covalente binden zijn er in biomoleculen?
    1. Elektrostatische bindingen
    2. Waterstofbruggen
    3. Wan der Waals bindingen
    4. Hydrofobe interacties
  • Moleculen kunnen:
    1. Interacties met elkaar aangaan (vormen van niet-covalente bindingen)
    2. Reageren (breken en vormen van covalente bindingen)
  • Zwakke bindingen vergeleken met covalente bindingen kunnen worden verbroken met thermische energie, dit kan alleen als de thermische energie groter is als de energie van de (zwakke)binding zelf.
  • Geladen moleculen die bij elkaar in de buurt komen kunnen elkaar aantrekken (+ trekt - aan en andersom), dit heet een elektrostatische interactie.
  • 3 voorbeelden van elektrostatisch interacities
    Ionische interactie, zoutbrug, ionenpaar
  • Met welke atomen kunnen zoutbruggen worden gevormd?
    Met waterstof (H), stikstof (N), zuurstof (O)
  • Bij waterstofbruggen speelt lading ook een rol, H is een beetje + en O en N zijn een beetje -, de H zijn Hydrogenbond donor en de O en  N zijn Hydrogenbond acceptor
  • Wat is de van der Waals binding?
    De niet-specifieke aantrekkende kracht tussen alle atomen
  • De van der Waals binding is een zwakke kracht ongeveer 2-4 KJ/mol. 
  • Door van der Waals bindingen kunnen moleculen die dicht bij elkaar komen (even) aan elkaar blijven vast zitten. Dit is handig voor moleculen die goed in elkaar passen, zoals receptoren en eiwitten. Een voorbeeld van de van der Waals bindingen zijn twee in elkaar gevouwen boeken die niet uit elkaar zijn te trekken.
  • Het Hydrofobe effect is het effect dat optreed wanneer hydrofobe deeltjes in een hydrofiele omgeving zitten, de hydrofobe deeltjes gaan bij elkaar zitten. Het voordeel is dat de oppervlakte van de de groepen hydrofobe deeltjes minder groot wordt, zodat er minder hydrofiele deeltje hoeven opgeofferd te worden om als scheiding tussen hydrofiel en hydrofobe op te treden. 
  • Noem een voorbeeld van het hydrofobe effect
    Vetten in water
  • In welke moleculen speelt leven zich af?
    In water
  • Fosfaat is altijd negatief geladen, BELANGRIJK!!
  • Suiker is polair, lost goed op in water
  • Alles met lading of polair wil oplossen in water
  • DNA bestaat onder andere uit suikers, aan deze suikers zijn basen vast geplakt. 
  • Welke soort bindingen zorgen voor de dynamiek in leven, en wordt veel gebruik gebruikt in medicijnen omdat ze vaak tijdelijk zijn.
    - Elektrostatische bindingen
    - Waterstofbruggen
    - Van der Waals bindingen
    - Hydrofobe interacties
  • Arseen lijkt erg op fosfor, dit maakt arseen heel giftig, arseen kan namelijk de functie van fosfor overnemen. De verbinden van arsenate zijn veel minder sterk dan die van fosfaat, daardoor vallen ze in water weer uit elkaar. Dus wanneer fosfor in DNA zou worden vervangen door arseen, zou het DNA uit elkaar vallen.
  • Het DNA (deoxyribonucleic acid) bestaat uit twee strengen die bij elkaar blijven door twee NIET-covalente interacties. Dit is handig want zo kunnen de twee strengen ook nog uit elkaar voor replicatie en transcriptie.
  • Aan de buitenkant van een DNA molecuul zitten fosfaat groepen. Deze groepen zijn - geladen (fosfaat=-), hierdoor stoten de DNA ketens elkaar af. Ze kunnen alleen bij elkaar worden gehouden door histonen die + geladen zijn.
  • De base paren A T en G T  zitten aan elkaar vast door waterstofbruggen, ook zijn ze in het DNA molecuul gestapeld, dit komt door van der Waals interacties.
  • Aan de buitenkant lijken organismen niet op elkaar, ook de cellulaire opbouw van de organismen opzicht is niet gelijk, een organisme bestaat uit allerlei verschillende soorten cellen. Maar wanneer je in de cellen zelf kijkt lijken de stoffen in de verschillende cellen en in de cellen van verschillende organismen wel op elkaar.
  • De uniformiteit voor al het leven:
    1. Dezelfde soort moleculen, op dezelfde manier georganiseerd
    2. Dezelfde soort energie/ chemische reacties om energie te gebruiken
    3. Dezelfde signalen en signaaltransductie
    4. Dezelfde moleculen (DNA) bevatten erfelijke gegevens
    5. DNA kan (willekeurig) muteren; goede veranderingen blijven
  • Wat is 1 dalton? (Da)
    1 g/mol
  • In een E. coli zitten ongeveer 10 duizend verschillende componenten, minder als in een vliegtuig, toch is een E. coli niet na te bouwen.
  • Dingen die vliegtuigen niet kunnen en levende organismen wel zijn
    - Reageren op omgevingssignalen
    - Voortplanten
    - Evolutie
    In organismen is de samenstelling van de stoffen in de cellen steeds anders, er zit dynamiek in  en dat veranderd in de tijd, dit is een kenmerk van leven.

  • Grote moleculen in cellen:
    Lipiden: membranen, energieopslag
    Nucleinezuren (DNA) (RNA):opslag en uitlezen genetische informatie
    Eiwitten: Vrijwel alle functies
    Carbohydrates (suikers): stevigheid, herkenning, energieopslag.
  • Kleine moleculen in cellen primair (essentieel voor leven):
    Bouwstenen (aminozuur)
    Brandstoffen (glucose)
    Signaalmoleculen (hormonen)
    pH buffering


  • En zijn ook kleine moleculen die secundaire metabolieten zijn, deze komen alleen voor in bepaalde organismen en zijn voor die organismen essentieel. Ze hebben speciale functies en zijn vaak ingewikkeld.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Hoeveel van de adp is er nodig om atp te vormen?
 Energieopbrengst is 41 procent. Dit is heel erg hoog.
Hoe werkt een ATP'ase?
De protonen willen graag terug en elk proton dat terugkomt kan dat doen door gebruik te maken van ATP synthase deel. Dat zorgt voor een ronddraaiende beweging van het enzymcomplex  . De beweging zal voor een verstoring van het complex verzorgen = conformatie. Dit kan dus twee kanten op, je kan het gebruiken om atp te genereren maar je kan het ook voorzien van atp en dan de andere kant op te laten draaien en het transport de andere kant op te laten gaan. 

In het midden zit er een ronddraaiende structuur wat assymetrisch is, dit zal een verstoring van de comformatie teweeg brengen. Alle onderdelen zijn bezig met een andere stap. In het ene gedeelte wordt ADP + fosfaat ingevangen en in het andere deel wordt het op elkaar geperst zodat er ATP ontstaat. Het laatste gedeelte is vrij daar wordt het gereales het ATP. Door de ronddraaiing verschuiven de delen. 


1 rondje is 3 moleculen ATP. Je hebt hierbij 10 protonen nodig.  kortom 1 molecuul atp = 3.3 protonen. Vanwege ontkoppelaars zal er 1 H+ kosten. Wat zorgt voor dat 1 atp gelijk is aan 4 H+. 
Hoe kan de protonengradiënt in de ademhalignsketen ervoor zorgen dat er 34 ATP moleculen ontstaan.
Het protonengradiënt wordt gebruikt om de ATP synthase aan te sturen. De protonen willen graag terug de mithochondrien binnenmembraan is dit komt vanwege de concentratie waardoor er diffusie van een hoge concentratie naar een lage concentratie onstaat en op grond van de ladingsverdeling. Maar deze kunnen niet over het membraan getransporteerd worden vanwege hun lading, daarom moet er een transporter zijn die ervoor zorg dat het transport kan plaatsvinden. 

ATP synthase complex zorgt ervoor dat het mogelijk is om de protonen terug de matrix in te sturen. Het is een enzym wat atp aanmaakt en er ADP en fosfaat ervan te maken. 
Wat gebeurt er bij de ademhalingsketen?
Hierbij worden uiteindelijk 34 ATP moleculen gegenereerd. Door NADH om te zetten naar NAD+ zullen elektronen binden aan het eiwit aan de membraan waardoor er en conformatie instaat wat de protonen die vrijkomen over de membranen getransporteerd. Kortom in stappen wordt er een protonen gradiënt gevormd waardoor uiteindelijk door zuurstof en H+,  water overblijft.  De protonengradiënt kan vervolgens gebruikt worden om ATP synthase complex aan te sturen. 


Het elektron wordt via ubiquinone en cytochrome c vervoerd.
Wat is de functie van NADH?
NADH zorgt voor een protonengradiënt. Dit is een vorm van energie wat opgebouwd wordt door de activiteit in de ademhalingsketen in het mitochondriën binnenmembraan. De protonengradiënt zorgt voor de aandrijving van een heel specifiek enzym complex wat uit ADP en fosfaat ATP kan genereren.
Hoe gaat de citroenzuurcyclus in z'n werking?
Acetylcoa, 2 koolstof atomen worden gebruikt en gekoppeld aan oxalacetate. Daarmee wordt een zes waardig koolstof molecuul gevormd citrate en dit is de uitgangs vorm. Dit wordt langzamerhand afgebroken naar weer oxaalacetate, dit levert weer NADH moleculen, GTP en FADH. Ook ontstaat er co2

( 3 NADH en 1 FADH) 


Geen enkele stap is zuurstof nodig maar het is wel zuurstof gevoelig doordat ls je nADH wilt genereren je nAD+ heb om het te maken.
Wat gebeurt er met pyruvaat als het is gemaakt in de glycolyse?
Glucose wordt eerst omgezet in 1,6 disfosfaat vervolgens in2  3 glycerol fosfotoase en daarna in 2 moleculen pyruvaat. De pyruvaat wordt weer op z'n tijd omgezet door vetzuur afbraak in acetylcoa dat zorgt voor nADH en FADH2.
Waarom zouden de tumorcellen de switch maken om alleen maar glycolitische energie te genereren en de oxidatieve wat minder in te zetten. 
  • Op het moment als jij als tumorcel in staat bent alle glucose snel op te nemen en de omgeving te beroven bevoordeel je je eigen club cellen en benadeel je dus alles wat je in de omgeving zit. 
  • Op het moment dat jij glycolytisch van energie voorziet produceer je lactaat en dat is voor veel cellen ook niet prettig dus dan trek je de voeding van andere cellen weg en verzuur je de omgeving. 
  • De tumorcellen zijn niet afhankelijk van de hoeveelheid zuurstofcellen die aanwezig zijn. 
  • Je hoeft geen investering te doen in het procederen van alle complexen, het transporteren van de heemgroepen. Hiermee kun je de tumorcel heel specifiek raken. 
Wat gebeurt erbij tumorcellen?
Tumorcellen proberen zoveel mogelijk glucose op te nemen en zoveel mogelijk atp omzetten en lactaat produceren als bij product als je kijkt naar mogelijke targets dat ook opeens de componenten uit de glucose interessante targets worden want als je dat verstoort verstoor je eigenlijk te strategie van tumor cellen. 
Op welke manier verwerken gist pyruvaat?
Pyruvaat levert ethanol op maar voor het zelfde doel om NAD+ te regeneren.