Summary Class notes - Biochemie

Course
- Biochemie
- Slotboom
- 2014 - 2015
- rug
- biologie
236 Flashcards & Notes
7 Students
  • These summaries

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

Summary - Class notes - Biochemie

  • 1409695200 Hoofdstuk 1

  • Wat zijn kenmerken van leven?
    1. Ingewikkeld, maar georganiseerd
    2. Energie behoefte
    3. Reactie op omgevingssignalen
    4. Vermogen tot repliceren ( voortplanten)
    5. Evolutie, niet noodzakelijk voor leven
  • Welke atomen komen niet voor in levende wezens?
    Si en Al (silicium en aluminium)
  • Koolstof komt relatief niet veel voor in de aardkorst
  • Water is het belangrijkste molecuul voor het leven, hier zitten de rest van de belangrijke moleculen in opgelost. Al het leven speelt zich af in water.
  • Dipool van water zorg voor sterke cohesie tussen de moleculen
  • Waaruit bestaan de belangrijkste moleculen van het leven?
    C,N,O en H
  • Door waterstofbruggen ontstaat er een sterke cohesie tussen watermoleculen. Bij ijs zijn er 4 waterstofbruggen per molecuul en en bij water zijn er 3.4 waterstofbruggen per molecuul.
  • Waarom heeft de thermische energie wel invloed op op moleculen en geen invloed om voorwerpen?
    Omdat voorwerpen een grotere massa hebben, de zwaartekracht houd het voorwerp op zijn plek. Moleculen zijn zo klein dat de zwaartekracht er bijna geen invloed op kan hebben. Door de thermische energie worden ze constand heen en weer bewogen.
  • Hoe houden levende organismen hun pH constant?
    Door middel van buffers
  • De thermische energie van een watermolecuul bij 300K is 4kJ/mol, dit is weinig. Covalente bindingen zijn sterk ze hebben en thermische energie van  400 kJ/ mol dit is veel.
  • Covalente bindingen zijn gelijkwaardig, er is dus geen voorkeur voor een bepaalde binding
  • Welke soort binding is sterker een dubbele of een enkele en waarom?
    Dubbele, omdat de thermische energie onvoldoende is om de binding te roteren, dit kan bij enkele bindingen wel.
  • Molcuulen met de binding volgorde: enkel-dubbel-enkel-... nemen vaak fotonen op.
  • Wat betekend zwitterionisch?
    Het molecuul is wel op een paar plaatsen geladen, maar de netto lading is 0
  • Een koolwaterstof zonder functionele groepen komen bijna niet voor in levende organismen
  • Wat betekend alifatisch?
    Dat er alleen maar C en H atomen in het molecuul zitten.
  • Apolaire stoffen zijn slecht oplosbaar in water; Polaire en geladen moleculen juist goed.
  • Waarom kunnen polaire moleculen zoals water goed oplossen in water?
    Omdat ze goed waterstofbruggen kunnen vormen
  • Rode atomen zijn zuurstof
    Blauwe atomen zijn stikstof
    Witte/Grijze atomen zijn koolstof en waterstof
    Gele atomen zijn zwavel
  • Moleculen van het leven:
    1. Zijn opgebouwd uit koolstof ketend
    2. Hebben functionele groepen (-OH, -NH, -SH, -COOH, -NH3+) 
    3. Hebben vormen (3D)
  • Welke  niet-covalente binden zijn er in biomoleculen?
    1. Elektrostatische bindingen
    2. Waterstofbruggen
    3. Wan der Waals bindingen
    4. Hydrofobe interacties
  • Moleculen kunnen:
    1. Interacties met elkaar aangaan (vormen van niet-covalente bindingen)
    2. Reageren (breken en vormen van covalente bindingen)
  • Zwakke bindingen vergeleken met covalente bindingen kunnen worden verbroken met thermische energie, dit kan alleen als de thermische energie groter is als de energie van de (zwakke)binding zelf.
  • Geladen moleculen die bij elkaar in de buurt komen kunnen elkaar aantrekken (+ trekt - aan en andersom), dit heet een elektrostatische interactie.
  • 3 voorbeelden van elektrostatisch interacities
    Ionische interactie, zoutbrug, ionenpaar
  • Met welke atomen kunnen zoutbruggen worden gevormd?
    Met waterstof (H), stikstof (N), zuurstof (O)
  • Bij waterstofbruggen speelt lading ook een rol, H is een beetje + en O en N zijn een beetje -, de H zijn Hydrogenbond donor en de O en  N zijn Hydrogenbond acceptor
  • Wat is de van der Waals binding?
    De niet-specifieke aantrekkende kracht tussen alle atomen
  • De van der Waals binding is een zwakke kracht ongeveer 2-4 KJ/mol. 
  • Door van der Waals bindingen kunnen moleculen die dicht bij elkaar komen (even) aan elkaar blijven vast zitten. Dit is handig voor moleculen die goed in elkaar passen, zoals receptoren en eiwitten. Een voorbeeld van de van der Waals bindingen zijn twee in elkaar gevouwen boeken die niet uit elkaar zijn te trekken.
  • Het Hydrofobe effect is het effect dat optreed wanneer hydrofobe deeltjes in een hydrofiele omgeving zitten, de hydrofobe deeltjes gaan bij elkaar zitten. Het voordeel is dat de oppervlakte van de de groepen hydrofobe deeltjes minder groot wordt, zodat er minder hydrofiele deeltje hoeven opgeofferd te worden om als scheiding tussen hydrofiel en hydrofobe op te treden. 
  • Noem een voorbeeld van het hydrofobe effect
    Vetten in water
  • In welke moleculen speelt leven zich af?
    In water
  • Fosfaat is altijd negatief geladen, BELANGRIJK!!
  • Suiker is polair, lost goed op in water
  • Alles met lading of polair wil oplossen in water
  • DNA bestaat onder andere uit suikers, aan deze suikers zijn basen vast geplakt. 
  • Welke soort bindingen zorgen voor de dynamiek in leven, en wordt veel gebruik gebruikt in medicijnen omdat ze vaak tijdelijk zijn.
    - Elektrostatische bindingen
    - Waterstofbruggen
    - Van der Waals bindingen
    - Hydrofobe interacties
  • Arseen lijkt erg op fosfor, dit maakt arseen heel giftig, arseen kan namelijk de functie van fosfor overnemen. De verbinden van arsenate zijn veel minder sterk dan die van fosfaat, daardoor vallen ze in water weer uit elkaar. Dus wanneer fosfor in DNA zou worden vervangen door arseen, zou het DNA uit elkaar vallen.
  • Het DNA (deoxyribonucleic acid) bestaat uit twee strengen die bij elkaar blijven door twee NIET-covalente interacties. Dit is handig want zo kunnen de twee strengen ook nog uit elkaar voor replicatie en transcriptie.
  • Aan de buitenkant van een DNA molecuul zitten fosfaat groepen. Deze groepen zijn - geladen (fosfaat=-), hierdoor stoten de DNA ketens elkaar af. Ze kunnen alleen bij elkaar worden gehouden door histonen die + geladen zijn.
  • De base paren A T en G T  zitten aan elkaar vast door waterstofbruggen, ook zijn ze in het DNA molecuul gestapeld, dit komt door van der Waals interacties.
  • Aan de buitenkant lijken organismen niet op elkaar, ook de cellulaire opbouw van de organismen opzicht is niet gelijk, een organisme bestaat uit allerlei verschillende soorten cellen. Maar wanneer je in de cellen zelf kijkt lijken de stoffen in de verschillende cellen en in de cellen van verschillende organismen wel op elkaar.
  • De uniformiteit voor al het leven:
    1. Dezelfde soort moleculen, op dezelfde manier georganiseerd
    2. Dezelfde soort energie/ chemische reacties om energie te gebruiken
    3. Dezelfde signalen en signaaltransductie
    4. Dezelfde moleculen (DNA) bevatten erfelijke gegevens
    5. DNA kan (willekeurig) muteren; goede veranderingen blijven
  • Wat is 1 dalton? (Da)
    1 g/mol
  • In een E. coli zitten ongeveer 10 duizend verschillende componenten, minder als in een vliegtuig, toch is een E. coli niet na te bouwen.
  • Dingen die vliegtuigen niet kunnen en levende organismen wel zijn
    - Reageren op omgevingssignalen
    - Voortplanten
    - Evolutie
    In organismen is de samenstelling van de stoffen in de cellen steeds anders, er zit dynamiek in  en dat veranderd in de tijd, dit is een kenmerk van leven.

  • Grote moleculen in cellen:
    Lipiden: membranen, energieopslag
    Nucleinezuren (DNA) (RNA):opslag en uitlezen genetische informatie
    Eiwitten: Vrijwel alle functies
    Carbohydrates (suikers): stevigheid, herkenning, energieopslag.
  • Kleine moleculen in cellen primair (essentieel voor leven):
    Bouwstenen (aminozuur)
    Brandstoffen (glucose)
    Signaalmoleculen (hormonen)
    pH buffering


  • En zijn ook kleine moleculen die secundaire metabolieten zijn, deze komen alleen voor in bepaalde organismen en zijn voor die organismen essentieel. Ze hebben speciale functies en zijn vaak ingewikkeld.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Summary - Class notes - Biochemie

  • 1475445600 college-03-10-2017-linskens

  • Waarom lijken RNA-polymerase voor pro en eukaryoten veel op elkaar
    RNA-polymerase, voor prokaryoot en eukaryoot grote overeenkomsten, door gemeenschappelijke evolutie.

    Er komen 2 metaalionen in voor waarvan 1 wordt meegenomen door het nucleotide dat wordt ingebouwd
  • Hoe ziet RNA-polymerase eruit bij prokayoten
    -complex van eiwitten
    -meerdere subunits o.a. sigma
    -bedekt ongeveer 30 basen van DNA en haalt de
    dubbele structuur los (15 basen open) binnen het complex.
    -Aan beide kanten van het complex moet de draaiing
    worden hersteld door topoisomerases.
    -De synthese is “De Novo” dus aan het begin
    bij de eerste base nog 3 fosfaten.
    -Gebruikt DNA template
  • Hoe is de betrouwbaarheid van RNA-polymerase
    Betrouwbaarheid.
    10 tot  de min 4e tot 10 tot de min 5e en dat is voldoende.
    (Een heel groot gen is 3000 basen.)
    (een bacterie doet er ongeveer 60 seconden over om een mRNA te synthetiseren. )

     
    Een belangrijk mechanisme voor herstel is het vermogen van RNA polymerase om terug te gaan en te hydroliseren en te herstellen.
  • Hoe herkent Prokaryoot RNA-polymerase de plaats waar het moet beginnen ?
    Pos -10 TATAAT (TATA-box) en op -35 herkenningssequentie.
    De sigma subunit herkent de plekken op -10 en -35, de afstand is
    dus van belang.
    RNA-polymerase gaat over de DNA tot de sigma-unit de -10 en -35 herkent en klampt dan vast en begint synthese en dan valt de sigma-unit eraf en gaat de RNA-polymerase er nog vaster op zitten en gaat verder. Het is van belang dat het goed vast zit want het moet in 1 keer goed tot het einde.
  • Wat is een promotor-site
    Het startgebied noemen we de promotor site. (-1 tot -50). Er kunnen promotorsites voor verschillende omstandigheden zijn. Zoals heatshock-promotor. 
    Als er te warme omstandigheden zijn komt er een andere sigma-unit en die herkent dan dus de heatshock-promotorsite en dan worden er dus andere mRNA's gemaakt die geschikt zijn voor warme omstandigheden.
  • Hoe werkt het beeindigen van de transcriptie door RNA-polymerase
    1-hairpin met daarna UUUU 
    2-Op mRNA een bepaalde sequentie en Rho-eiwit 
    3-Riboswitch, een 3d vorm ontstaat die met een bepaalde stof  (FMN) een hairpin maakt op een paar basen verder. Dit stopt de aanmaak verder. Als er geen stof is (geen FMN) dan komt die hairpin in de 3d structuur te zitten en remt dus niet en wordt er wel verder mRNA gemaakt.
  • Zijn er post-translationele modificaties in prokaryoten
    Wel in tRNA en rRNA, maar vrijwel niet in mRNA.
  • Hoe werken antibiotica die de mRNA transcriptie remmen
    Remming door antibiotica;  rifamphicine, gaat binden in bacteriele RNA-polymerase op de plek waar normaal de RNA-DNA hydride zit. Dus effectief stoppen aanmaak mRNA.
  • Geef aan waarin een eukaryoot verschilt met een prokaryoot t.a.v. transcriptie
    -Heeft een kern
    -Lineair DNA
    -RNA wordt meer bewerkt (in de kern)
    -Eiwitsynthese niet tegelijk met synthese RNA
  • Geef aan welke RNA-polymerases er zijn bij eukaryoten
    Er zijn 3 klassen polymerases er zijn dus ook 3 soorten promotors. Voor elke RNA-polymerase een soort promotor.
    Type I maakt rRNA.
    Type II maakt mRNA.(belangrijkste)
    Type III maakt tRNA en rNRA
  • Hoe is de herkenning voor RNA polymerase II bij eukaryoten.
    Positie -25 TATAA-box en op -75 andere herkenningsregio.
    Ongeveer net zoals bij prokaryoten.
     
    TBP(TATAA Bindings Proteine) kan de TATA-box herkennen en op de TATA-box komt TBP(TATAA binding protein) en daar vormt zich een complex van de RNA-polymerase.

    De staart van het complex moet gefosforyleerd worden en dan begint de transcriptie. Door al of niet te fosforyleren is dus regulatie van transcriptie mogelijk. Fosforylering gebeurt vaak door eiwitten (transcriptiefactoren) die verder terug voor de TATA-box aan het mRNA gaan zitten.

    Denk hierbij aan heatshock eiwitten en die gaan aan herkenningssequenties voor heatshock eiwitten zitten en daardoor transcriptie te laten plaatsvinden voor bepaalde eiwitten die helpen tegen de hitte te kunnen.
  • Welke post-transcriptionele modificaties zijn er bij eukaryoten.
    Er is post-transcriptionele modificatie van rRNA en tRNA door verandering van bepaalde basen en aan mRNA bijvoorbeeld het plaatsen van de 5'Cap en de poly-A staart. Ook is er specifieke baseverandering door specifieke enzymen op mRNA en splicing.
  • Wat is het voordeel van post-transcriptionele modificatie van bijvoorbeeld specifieke basen en splicing.
    Meer mogelijkheden met zelfde transcript.
  • Hoe ontstaat de poly-A staart
    Aan het eind zit een cleavage-signaal op het mRNA en endonuclease knipt na dat signaal af en dan wordt de poly-A staart erop gezet door poly-A-polymerase.
  • Wat zijn small nuclear RNA's
    Dat zijn snRNA's en die zijn betrokken bij de splicing
  • Wat is een spliceosoom
    Spliceosoom zorgt voor de splicing.
    Vormt een ringcomplex zodat de 2 splice sites dichter bij elkaar zijn.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Wat is 1 dalton? (Da)
1 g/mol
Welke soort bindingen zorgen voor de dynamiek in leven, en wordt veel gebruik gebruikt in medicijnen omdat ze vaak tijdelijk zijn.
- Elektrostatische bindingen
- Waterstofbruggen
- Van der Waals bindingen
- Hydrofobe interacties
In welke moleculen speelt leven zich af?
In water
Noem een voorbeeld van het hydrofobe effect
Vetten in water
Wat is de van der Waals binding?
De niet-specifieke aantrekkende kracht tussen alle atomen
Met welke atomen kunnen zoutbruggen worden gevormd?
Met waterstof (H), stikstof (N), zuurstof (O)
3 voorbeelden van elektrostatisch interacities
Ionische interactie, zoutbrug, ionenpaar
Welke  niet-covalente binden zijn er in biomoleculen?
1. Elektrostatische bindingen
2. Waterstofbruggen
3. Wan der Waals bindingen
4. Hydrofobe interacties
Waarom kunnen polaire moleculen zoals water goed oplossen in water?
Omdat ze goed waterstofbruggen kunnen vormen
Wat betekend alifatisch?
Dat er alleen maar C en H atomen in het molecuul zitten.