Summary Class notes - Cellulaire Oncologie

Course
- Cellulaire Oncologie
- .
- 2018 - 2019
- Universiteit van Amsterdam
- Bèta-gamma
257 Flashcards & Notes
1 Students
  • This summary

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

PREMIUM summaries are quality controlled, selected summaries prepared for you to help you achieve your study goals faster!

Summary - Class notes - Cellulaire Oncologie

  • 1549062000 College Eric Reits

  • Hoe wordt ubiquitine verbonden aan andere eiwitten?
    het carboxyl einde van het ubiquitine wordt verbonden aan de aminogroep van een lysine zijketen van het target protein via een isopeptide binding
    * in veel gevallen: polyubiquitinylering
  • Leg uit hoe ubiquitinering van eiwitten plaatsvindt via verschillende accesory proteins.
    • C-terminus van ubiquitine bindt aan E1 (onder hydrolyse van ATP)
    • ubiquitine overgedragen op cysteine van E2
    • E2 + E3 + ubiquitine ---> 
    • ubiquitine gelinkt aan eiwit 
    • --> groei van ubiquitine keten
  • De manier waarop een eiwit wordt geubiquitinyleerd heeft verschillende betekenissen voor de cel. Leg dit uit.
    • monoubiquitinylation --> histone regulation
    • multiubiquitinylation --> endocytose
    • polyubiquitinylation op Lys48 --> proteosomal degradation
    • polyubiquitinylation op Lys63 --> DNA repair
  • Noem twee manieren waarop degradatie van een specifiek eiwit geïnduceerd kan worden.
    • activatie van een ubiquitin ligase (E3 geactiveerd)
    • fosforylering van het eiwit zelf --> degradatiesignaal niet meer verstopt --> stabiele N terminus gecreëerd voor aanhechting ubiquitine
  • 1549148400 The Nature of Cancer

  • Hoe verhouden tumoren zich tot normale weefsels?
    • tumoren ontstaan uit normale weefsels
    • tumoren komen voort uit slecht functionerende cellen die geen weefsels van normale vorm en functie kunnen behouden
    • tumoren hebben histologische eigenschappen die overeenkomen met normaal weefsel van hun oorsprong
  • Tumoren die lokaal groeien zonder nabijgelegen weefsel over te nemen noemen we benign/goedaardig. Noem twee problemen die kunnen voortkomen uit goedaardige tumoren.
    • hyperthyroidism: thyroid adenoma's zorgen voor een overmatige secretie van schildklierhormonen aan de bloedbaan
    • acromegaly: pituitary adenoma's kunnen zogen voor een overmatige afgifte van groeihormonen aan de circulatie ---> excessieve groei van bepaalde weefsels of organen
  • Wanneer noemen we een tumor malignant/kwaadaardig?
    Als de tumor nabijgelegen weefsels binnenvalt en uitzaaiingen (metastases) verspreidt.
  • Het grootste deel van menselijke tumoren ontstaat in epitheel weefsel. Noem twee onderdelen die van belang zijn.
    • epithelia = lagen van cellen die holtes of kanalen bekleden of de buitenste laag van het lichaam (huid)
    • basal lamina (basement membrane) : betsaat uit extracellulaire matrix en scheidt de epitheelcellen van de onderliggende laag van ondersteunende weefselcellen, het stroma
  • Welke kankervorm komt veruit het meest voor? En waaruit komen deze voort?
    Carcinomas --> uit epithelia

    Denk aan tumoren bij verteringsstelsel, longen, lever, huid...
  • Vormen van kanker die voortkomen uit epithelia noemen we carcinomas. Welke twee subtypen kun je onderscheiden?
    • squamous cell carcinomas: ontstaan uit cellen die beschermende cellagen vormen in epitheel
    • adenocarcinomas: ontstaan uit cellen die substanties secreteren in het weefsel waarvan ze onderdeel uitmaken
  • Naast de meest voorkomende vorm van kanker, carcinomas, zijn er nog drie typen. Noem deze.
    • sarcomas
    • hematopoietic tissues
    • originating from the nervous system
  • Waaruit komen sarcomas voort?
    • fibroblasten
    • gerelateerde collageen producerende cellen
    • osteoblasten (botvorming)
    • adipocyten (vetopslag)
    • myocytes (spiervorming)
  • Waaruit ontstaat kanker van hematopoietic tissue?
    • precursors van rode bloedcellen (erytrocyten)
    • antibody secreting (plasma) cells
    • T & B lymfocyten

    * lymphomas zijn subtype hiervan. komen voort uit kwaadaardige B/T lymfocyten die in lymfeknoop solide tumoren vormen. 
  • Geef een aantal voorbeelden van kankersoorten die voortkomen uit het zenuwstelsel.
    • gliomas
    • glioblastomas
    • neuroblastomas
    • schwannomas
    • medullablastomas

    * noemen we vaak neuroectodermas, wegens embryonale oorsprong. (ectoderm)



  • Melanomas derive from melanocytes-  pigmented cells of the skin and retina, which themselves originate from nervous system. 
  • Waarom kunnen niet alle tumoren geclassificeerd worden?
    Sommige tumoren ondergaan transformatie. Een voorbeeld is EMT: epithelial-mesenchymal transition. Op de grenzen van carcinomas gaan epithelial cells patronen vertonen van nabijgelegen cellen uit het stroma.
  • Teratomas zijn moeilijk te classificeren. Wat zijn teratomas?
    • komen voort uit germ cell precursors(sperma, eitjes) (komt dus vaak voor in eierstokken/testes)
    • behouden in foetus mogelijkheid om in bijna alles te differentieren
    • cellen creeëren adult like tissue
    • maar zijn wildtype: bevatten geen mutaties
  • Wanneer is een tumor anaplastisch?
    weefsel waaruit de tumor voort komt is niet te identificeren. gevolg van dedifferentiation: kankercellen zijn dan alle weefselspecifieke eigenschappen verloren. 

    De tumor wordt dan geclassificeerd als CUP: cancer of unknown primary
  • Noem 5 stadia van tumor progression.

    normal --> hyperplastic --> dysplastic --> neoplastic --> metastatic
  • Hoe definiëren we het stadium van hyperplastic growth?
    • abnormaal aantal cellen
    • cellen assembleren nog steeds in weefsels die er redelijk normaal uitzien
  • Hoe definiëren we het stadium van metaplastische groei?
    • de cellen die normaal aanwezig zijn in een weefsel worden vervangen door cellen van een nabijgelegen weefsel (metaplasia)
  • Hoe definiëren we het stadium van dysplastische groei?
    meer abnormale groei:
    • variërende grootte nuclei, meer mitotische activiteit (cytologically different)
    • relatieve hoeveelheden van verschillende celtypen binnen weefsel wijken af
    • grote effecten op architectuur van weefsel
    • dit is de overgangsfase tussen goedaardige en kwaadaardige groei

    Poliepen en papillomas vallen hieronder: respecteren boundary van basement membrane --> benign
  • Hoe definiëren we het neoplastische stadium?
    invasie in de onderliggende weefsel, bijvoorbeeld doorbraak van epitheel, doorbreken basement membrane naar stroma
  • Tumoren zijn monoclonal, wat betekent dat de gehele tumor is ontstaat uit één afwijkende cel.
  • Hoe verschilt het energiemetabolisme van kankercellen tov normale cellen?
    Warburg ontdekte dat veel kankercellen glucose alleen de glycolyse in laten gaan en het ontstane pyruvaat reduceren tot lactaat. Ook als er wel voldoende zuurstof is. 
    Dit noemen we het Warburg effect.
  • Geef 3 verklaringen voor het Warburg effect.
    • Veel kankercellen bevinden zich op plekken waar weinig/geen aanvoer van zuurstof is. 
    • Alleen glycolyse houdt veel bouwstoffen over gebruikt voor groei etc. 
    • Kankercellen laten een overmaat aan glucose transporters tot expressie komen. 
    • normale cellen gebruiken dan ook ong 30 % van de glucose voor ATP productie. Kankercellen slechts 1 %. 
  • Bij het classificeren van tumoren is ook de embryologische oorsprong van het weefsel van belang. Bij carcinomas doet dit er echter niet toe: daarbinnen vallen tumoren van weefsels die voortkomen uit endoderm, ectoderm en mesoderm.
  • Noem twee voorbeelden van kankervormen die niet binnen de normale classificaties vallen en leg uit waarom.
    • melanomas komen voort uit melanocyten (gepigmenteerde cellen retina en huid). melanocyten komen voort uit neurale groeve. de melanocyten belanden echter in huid en haar, locaties die niets meer te maken hebben met zenuwstelsel. 
    • SCLCs (small-cell lung carcinomas) hebben eigenschappen van neurosecretory cells emt oorsprong in neurale groeve. is onduidelijk of ze in ontwikkeling er terecht zijn gekomen of dat, waarschijnlijker, de tumoren gewoon voortkomen uit endodermale populaties. en vervolgens dus eigenschappen zijn verloren en meer zijn gaan lijken op cellen van neuroectodermale lijn. (transdifferentiatie)
  • Hoe voorkomen kankercellen dat glucose metabolieten de mitochondria in gaan, dus hoe zorgen ze ervoor dat allen glycolyse plaatsvindt?
    • laatste stap van glycolyse door PK: pyruvate kinase
    • zet PEP om in pyruvaat
    • M1 variant in volwassen weefsels
    • M2 variant in embryonale cellen, snel delende cellen en kankercellen
    • M1 variant zorgt dat pyruvaat goed terecht komt in mitochondria
    • M2 variant zorgt voor reductie tot lactaat
    • M2 heeft langzame turnover --> backup glycolytische producten
    • dus kankercellen hebben gewoon goed werkende mitochondria!
  • De groei van tumoren hangt af van de expressie van de M2 variant van PK, de verhoogde expressie van glucose transporter GLUT1, en lactaat dehydrogenase A (LDH-A). Inhibitie van één van deze stoffen leidt tot verminderde tumorgroei.
  • Goedaardige tumoren bevinden zich een een hyperplastisch of metaplastisch stadium. Dysplastische tumoren worden gezien als tussenvorm tussen goedaardig en kwaadaardig.
  • Wat houdt Barrett's esophagus? Van welke fase is het een voorbeeld?
    het normale aanwezige squamous epitheel is vervangen door secretoire epitheelcellen, van het type dat meestal wordt gevonden in de maag. --> metaplastische fase
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Hoe krijg je contrast bij EM?
Toevoegen stoffen om afbuiging van elektronenstroom te krijgen.
Leg uit wat Super Resolution Microscopy inhoudt. Geef de drie varianten die er nu zijn.
  • overkomen limitatie van classical microscopy
  • verder imagen dan resolutie voorschrijft
  • 1. structured illumination microscope: niet homogeen belichten, maar met een patroon --> soort interferentiepatroon ---> hogere resolutie. SIM
  • 2. STET: stimulated emission by depletion = beste, haalt resolutie van 10 nm
  • 2e laser aanzetten --> geen normale vlek, maar een soort donut. daarmee: alle moleculen die in donut worden aangeslagen: die moleculen gaan direct terug naar de grondtoestand. die kunnen niet meer fluoresceren. 
  • dan houd je dus over: de moleculen in het midden van de donut. die fluoresceren vanuit aangeslagen toestand en dan terug, zoals ze normaal dus doen. 
  • 2 heeft hoge laserintensiteit nodig --> cellen vinden het niet leuk. dus toch moeilijk in levende cellen. 
  • Stochastic techniques: meest populair. goed te doen in levende cellen. met een model wordt het centrum van de blurred spot bepaald. van die centra maak je een kaart. 
  • probleem: je hebt vaan heel veel moleculen, overlap. Dus je moet de moleculen één voor één aan en uit zetten. Je gebruikt dan ook dyes die je aan en uit kan zetten. 
Leg uit wat TIRF inhoudt.
  • Total Internal Reflection Microscopy
  • om structuren op of dichtbij het membraan te visualiseren
  • je loopt zonder deze techniek weer tegen het blurr effect aan (confocale microscoop)
  • stel één molecuul in PM en ander er net onder: die kun je niet van elkaar onderscheiden. te grote spot. dus teveel info van het cytoplasma die je niet wil!
  • niet recht van onder met laserlicht, maar onder een hoek
  • alfa = critical angle for total internal reflection
  • als je die hoek groot genoeg maakt: licht gaat niet sample in maar wordt gereflecteerd (dus bij groter dan alfa gebeurt dit)
  • quantummechanisch proces: je slaat ondanks de reflectie toch moleculen die heeeeel dicht tegen glas aanzetten aanslaan, dus heel dun laagje specimen --> membraan. 
Hoe werkt FRET?
Labelen van 2 eiwitten waarin je geïnteresseerd bent: blauw en groen
1. blauw licht detecteerbaar
2. samenkomen: resonantie --> aanstralen ---> groen ook geactiveerd --> groen licht detecteren (voornamelijk groen)  


--> sensoren maken, bijv om calciumconcentratie maken.
Met fluorescentie microscopie kun je componenten lokaliseren. Maar wat nog meer?
snelheid van bewegen, concentratie, mate van mobility in nucleus vs cytoplasma, vindt er dimerisatie plaats

Je kunt dit dus ook kwantitatief toepassen.
Hoe kun je de calciumconcentratie meten met confocale microscopie?
Caclium gevoelige kleurstof ---> link tussen concentratie en intensiteit --> 3D plaatje maken
Hoe gebruik je fluorescente antilichamen? (immunofluorescentie)
Gefixeerde cellen
primair antilichaam, secundair, die een fluorescent deel bij zich draagt.
Leg het gebruik van quantum dots uit.
= kristal van cadmium en silicium
groter kristal --> rodere kleur
cadmium is toxisch voor levende cellen --> coating gebruiken

+ superstabiel  (fotostabiel)(fluorescentie + kleurstof kan met de tijd achteruitgaan)
+  scherpe emissiebanden
- ze zijn best wel groot (doordat je ook coating moet toevoegen, 10/15 nm) dus moeilijk in te brengen in levende cellen --> mooi aan de buitenkant labelen, maar door PM heen: microinjecteren
Hoe werkt die fluorescentie?
Spelen met energie van elektronen. 
Je voegt energie toe aan de grondtoestand van bijv GFP (vaak met licht: fotonen geven energie aan GFP)
--> aangeslagen toestand
je hebt dus wel een minimum hoeveelheid energie nodig om GFP aan te slaan! 
Als aangeslagen: elektronen willen die energie weer kwijt om weer naar grondtoestand te gaan. Veel moleculen gaan dan warmte afgeven, fluorescente moleculen kunnen licht afgeven om dit kwijt te raken --> fluorescentie. 

De kleur licht die erin gaat is anders dan de energie die eruit komt. Meer energie erin stoppen dan eruit komt.    

Dus je stopt een kleur erin die blauwer is dan de kleur die eruit komt.

Je kunt dus het excitatielicht scheiden van het emissie licht. met excitatiefilter filter die eerst alleen blauw licht doorlaat (dat heb je nodig voor excitatie) --> blauw geblokt, gereflecteerd op sample ---> omgezet als het ware in groen --> deel komt terug in objectief, in de groene kleur.
Hoe pas je microscopie toe op dikke cellen?
Dunne sample slices maken. 
meer dan 500 micron --> dan moet je dit gaan doen, anders scattering
cel embedden, daarna met scherp mes plakjes maken