Summary Class notes - Medische genetica

Course
- Medische genetica
- HESA
- 2017 - 2018
- Hanzehogeschool Groningen (Hanzehogeschool Groningen, Groningen)
- Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek
147 Flashcards & Notes
6 Students
  • These summaries

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

Summary - Class notes - Medische genetica

  • 1511305200 Les 1 - Bouw chromosomen

  • Wat is medische genetica?
    Medische genetica is een specialisme binnen de geneeskunde dat zich bezig houdt met de diagnostiek en beheersbaarheid van erfelijke aandoeningen. Dit houdt in de diagnostiek van erfelijke ziekten bij patiënten op basis van het genoom en onderzoek naar de overerving van deze ziekten.
  • Waar bevindt zich het DNA in de cel?
    In de celkern (nucleus).
    Maar er bestaan ook mitochondriële chromosomen, die coderen voor 37 genen, welke zich in de mitochrondiën in het cytosol van de cel bevinden.
  • Wat zijn somatische cellen?
    Somatische cellen van een organisme zijn alle lichaamscellen behalve de geslachtscellen.
  • Hoeveel chromosomen en hoeveel chromosomenparen bevat een somatische cel?
    Een somatische cel bevat 46 chromosomen in de celkern.
    Dit komt overeen met 23 homologe chromosomen paren: 22 paar autosomen en 1 paar geslachtschromosomen.
  • Wat zijn autosomen?
    Autosomen zijn de chromosomen welke geen geslachtschromosomen zijn, dus chromosoom 1 t/m 22.
  • Wat zijn homologe chromosomen?
    De autosomen (chromosoom 1 t/m 22) komen in een somatische cel twee keer voor (diploïd). Dit zijn de homologe chromosomen. Homologe chromosoomparen hebben een gelijke opbouw (dezelfde genen op dezelfde plaats), maar kunnen verschillen in genetische informatie door verschillende allelen. Elk individu heeft van elk autosoom namelijk één van de vader (paternaal chromosoom) en één van de moeder (maternaal chromosoom) meegekregen.
  • Hoeveel geslachtschromosomen bevat een somatische cel en welke combinaties van geslachtschromosomen kunnen voorkomen?
    Een somatische cel bevat twee geslachtschromosomen (chromosomenpaar 23). De mogelijke combinaties zijn:
    - XX: vrouwelijk geslacht
    - XY: mannelijk geslacht
  • Wat zijn gameten?
    Gameten zijn de geslachtscellen: eicellen en spermacellen.
  • Hoeveel chromosomen en chromosomenparen bevat een gameet?
    Een gameet bevat 23 chromosomen (22 autosomen en 1 geslachtschromosoom: X of Y). Een gameet bevat geen chromosomenparen: elk chromosoom komt één keer voor.
  • Welk geslachtschromosoom bevat een eicel altijd?
    Eén X chromosoom
  • Welk geslachtschromosoom bevat een spermacel?
    Eén X chromosoom of één Y chromosoom
  • Welke gameet (eicel of spermacel) is bepalend voor het geslacht?
    De spermacel is bepalend voor het geslacht, omdat een spermacel zowel een X als Y als geslachtschromosoom kan bevatten, terwijl een eicel altijd een X bevat.
  • Wat zijn chromosomen?
    Chromosomen zijn opvouw structuren van het DNA.
  • Waaruit is het DNA opgebouwd?
    Het DNA bestaat uit nucleotiden: fosfaatgroep, pentosesuiker (deoxyribose) + stikstofbase (adenine, guanine, cytosine of thymine).

    Er zijn twee antiparalelle strengen, welke een dubbele helix vorm aannemen. De backbone van de strengen bestaat uit afwisselend een pentosesuiker (deoxyribose) en een fosfaatgroep. Tussen de 3'-OH van de pentosesuiker en het 5'-uiteinde van de fosfaatgroep vormt zich een 5'-3' fosfodiesterbinding. Aan de 1'-koolstof van de pentosesuiker zit een stikstofbase gebonden, welke de traptreden vormen. Tussen de complementaire stikstofbasen vormen zich waterstofbruggen.
  • Wat zijn de complementaire stikstofbasen?
    Adenine met thymine (A-T) en cytosine met guanine (G-C).
  • Hoeveel waterstofbruggen vormen zich tussen adenine en thymine (A-T)?
    Twee waterstofbruggen.
  • Hoeveel waterstofbruggen vormen zich tussen cytosine en guanine (G-C)?
    Drie waterstofbruggen.
  • Wat zijn purines en welke stikstofbasen behoren tot de purines?
    Purines zijn stikstofbasen die bestaan uit 2 ringen.
    Adenine (A) en guanine (G) zijn purines.
  • Wat zijn pyrimidines en welke stikstofbasen behoren tot de pyrimidines?
    Pyrimidines zijn stikstofbasen die bestaan uit 1 ring.
    Cytosine (C), thymine (T) (alleen DNA) en uracil (U) (alleen RNA) zijn pyrimidines.
  • Hoeveel nanometer (nm) is 1 Angstrom?
    1 Angstrom = 0,1 nm.
  • Uit hoeveel baseparen bestaat één hele draai van de dubbele helix en hoeveel Angstrom en nanometer is dit?
    Eén hele draai in de dubbele helix bestaat uit 10 baseparen (bp). 10 bp komt overeen met 34 Angstrom. 34 Angstrom = 3,4 nm.
  • Hoeveel Angstrom en nanometer (nm) bevindt zich tussen twee baseparen (bp)?
    10 bp komt overeen met 34 Angstrom = 3,4 nm.
    De afstand tussen twee bp = 1 bp. Dit is dan 3,4 Angstrom en 0,34 nm.
  • Hoe gaat de DNA synthese?
    De DNA synthese gaat altijd van 5'-->3'. Bij de DNA replicatie worden de nieuwe strengen dus van 5'-->3' gevormd. Er zijn eerst twee antiparallele strengen, welke aan één kant uit elkaar worden gehaald door het enzym helicase.

    Dit zorgt ervoor dat er één streng (3'-->5'; leading stand template) continu kan worden gelezen, zodat de leading strand aan één stuk kan worden gevormd vanaf de primer (één primer nodig).

    De andere streng (5'-->3'; lagging strand template) wordt discontinu gelezen, waardoor de lagging strand in stukjes wordt gevormd. In dit geval zijn er meerdere primers nodig. De gevormde nieuwe stukjes zijn de zogenaamde Okazaki fragmenten. Deze worden uiteindelijk aan elkaar geplakt door het enzym ligase.
  • Wat is de lengte van het DNA dat zit opgevouwen in elke somatische celkern van de mens (in meters)? Het genoom van de mens bevat 3 x 10^9 baseparen.
    De afstand tussen twee baseparen = 0,34 nm.
    3 x 10^9 x 0,34 = 1.020.000.000 nm = 1,02 m.

    Een somatische cel bevat alle chromosomen twee keer, waardoor de totale lengte van het DNA in de celkern van een somatische cel = 1,02 x 2 = 2,04 meter.
  • Wat is de lengte van het DNA dat zit opgevouwen in elke celkern van een gameet van de mens (in meters)? Het genoom van de mens bevat 3 x 10^9 baseparen.
    De afstand tussen twee baseparen = 0,34 nm.
    3 x 10^9 x 0,34 = 1.020.000.000 nm = 1,02 m.

    Een gameet bevat alle chromosomen één keer, waardoor de totale lengte van het DNA in de celkern van een gameet = 1,02 meter.
  • Het past de totale lengte van het DNA dan in de cel?
    Door het DNA sterk op te draaien past het uiteindelijk in de cel.
    De dubbele helix structuur van het DNA draait om histonen heen en daarna gaan de histonen ook weer om elkaar heen draaien.
  • Waaruit bestaat een histon?
    Eén histon is een octameer, doordat deze bestaat uit 8 histoneiwitten: 2x histon H2A, 2x histon H2B, 2x histon H3 en 2x histon H4.

    Daarnaast is er nog het histon H1 tussen 2 nucleosomen, welke fungeert als een soort vinger om het DNA op het histon te houden.
  • Wat zijn nucleosomen?
    Een nucleosomen streng is DNA dat gedraaid zit om histonen (octameren). 
    Om 1 octameer zitten 140 bp van het DNA gewikkeld.
  • Wat is een chromatosoom?
    Een chromatosoom bestaat uit een nucleosoom (DNA + 8 histonen) met het histon H1, dat zich tussen twee nucleosomen bevindt, in het spacer stukje met linker DNA dat niet gewikkeld zit rond histonen.
  • Wat zijn solenoïden?
    Een solenoïde streng (ook wel 30 nm fiber genoemd) bestaat uit opgerolde chromatosomen (nucleosomen + histon H1).
  • Wat is een chromatide?
    Een chromatide (bv. zusterchromatide) is één helft van een gerepliceerd chromosoom.
  • Wat is chromatine?
    Alle nucleosomen (DNA + histonen) samen.

    Organisatie structuur hoe sterk opgerold het DNA is in chromosomen:
    - Euchromatine (losse structuur): dubbele helix structuur of nucleosoom
    - Heterochromatine (sterk opgevouwen): chromatosoom, solenoïde of chromatide
  • Wat zijn 3 functies van het opgevouwen chromatine?
    - Compact maken van het DNA: zodat het in de cel past en niet allemaal los in de cel ligt.
    - Genexpressie: sterk opgevouwen (heterochromatine) zorgt voor minder actieve transcriptie doordat enzymen er niet meer bij kunnen. Bij een 'losse' structuur van het DNA (euchromatine) is het DNA minder opgevouwen waardoor wel actieve transcriptie kan plaatsvinden.
    - Verstevigen: zodat het DNA niet zo snel kapot gaat.
  • Wat is euchromatine en tijdens welke fase van de celdeling komt dit veel voor?
    Euchromatine is chromatine dat niet sterk is opgevouwen, waardoor een losse structuur ontstaat: dubbele helix structuur of nucleosoom.

    Het DNA is hierbij goed toegankelijk voor enzymen en er vindt actieve transcriptie plaats, waardoor de genen tot expressie komen. Dit komt vooral veel voor tijdens de interfase van de celdeling, doordat in deze fase de chromosomen actief zijn.
  • Wat is heterochromatine en tijdens welke fase van de celdeling komt dit veel voor?
    Heterochromatine is chromatine dat sterk is opgevouwen: chromatosoom, solenoïde of chromatide.

    Door de sterke opvouwing is het DNA niet goed toegankelijk voor enzymen, waardoor er minder actieve transcriptie plaatsvindt. Er is hierdoor minder genexpressie. Door de sterke opvouwing worden wel de chromosomen (met zusterchromatiden) zichtbaar.

    Dit komt vooral veel voor tijdens de metafase van de celdeling (maximale condensatie van de chromosomen), doordat de verstevigde structuur ervoor zorgt dat de zusterchromatiden niet kapot gaan tijdens het uit elkaar trekken.
  • Tijdens welke fase van de celdeling zijn de chromosomen maximaal gecondenseerd?
    Tijdens de metafase zijn de chromosomen het sterkst opgevouwen (heterochromatine).
  • Uit welke structureren bestaat een chromosoom?
    Een chromosoom bestaat uit een p-arm (korte arm; boven) en een q-arm (lange arm; onder), gescheiden door een centromeer.
  • Wat is het verschil tussen een interfase chromosoom en een metafase chromosoom?
    In de interfase zijn de chromosomen nog niet gerepliceerd, waardoor de interfase chromosomen niet uit zusterchromatiden bestaan.

    In S-fase van de interfase (late interfase) worden de chromosomen gerepliceerd. In de metafase van de celdeling (mitose) bestaan de chromosomen daardoor wel uit zusterchromatiden, aan elkaar vastzittend bij het centromeer. De maximaal gecondenseerde chromosomen in de metafase zijn daardoor zichtbaar als X-vorm.
  • Wat is het verschil tussen homologe chromosomen en zusterchromatiden?
    Elk individu heeft in een somatische cel elk chromosoom twee keer. Dit zijn de homologe chromosomen: één paternaal chromosoom en één maternaal chromosoom. Deze chromosomen zitten niet aan elkaar. Ze hebben een gelijke opbouw, maar kunnen verschillende genetische informatie bevatten.
    Elk chromosoom bestaat uit één DNA dubbele helix. De DNA dubbele helix in de homologe chromosomen is niet identiek.

    Zusterchromatiden zijn de structuren die ontstaan na DNA replicatie. Elk chromosoom bestaat nu uit twee gelijke helften met identieke genetische informatie (identieke DNA dubbele helix). Deze twee helften zitten nog aan elkaar in het centromeer van het chromosoom. Elk chromosoom bestaat na replicatie uit twee identieke DNA dubbele helices.
  • Wat is een locus van een chromosoom?
    Een locus (meervoud loci) is een plek waar iets zit op het genoom. Het kan verwijzen naar 1 bp of een gen of een groot stuk DNA. Het zegt niets over de grootte van dat stuk DNA. Een locus is identiek bij een homoloog chromosomenpaar en ook identiek bij zusterchromatiden (alle genen of delen bevinden zich op dezelfde plaats door een identieke opbouw).
  • Wat is een allel?
    Een allel is een variant van een gen. Bij een homoloog chromosomenpaar kunnen de allelen verschillend zijn, waardoor een verschil in genetische informatie ontstaat. Bij zusterchromatiden zijn de allelen identiek, omdat het exacte kopieën zijn).
  • Wat is ploïdie?
    Ploïdie is het aantal chromosomensets in de cel. 
    - n staat voor het aantal chromosomen in een set.
    - Het getal voor de letter n staat voor het aantal chromosomensets.
    Een set chromosomen is het aantal verschillende chromosomen in een cel.
  • Hoeveel chromosomen bevat een humane somatische cel? Geef ook de n en het getal voor de n.
    Een humane somatische cel bevat 46 chromosomen.
    n = 23, want een cel bevat 23 verschillende chromosomen.
    En de mens is 2n, omdat van elk chromosoom er twee aanwezig zijn (= diploïd).
  • Hoeveel chromosomen bevat een humane gameet? Geef ook de n en het getal voor de n.
    Een humane gameet bevat 23 chromosomen.
    n = 23, want een cel bevat 23 verschillende chromosomen.
    Een gameet bevat van elk chromosoom maar één exemplaar, waardoor een gameet n is (= haploïd).  
    Gameten hebben dus de helft van het aantal n t.o.v somatische cellen.
  • Wat betekent respectievelijk 4n, 2n en n?
    4n = tetraploïd
    2n = diploïd
    n = monoploïd (somatische cel) of haploïd (gameet)
  • Is er een verband tussen de grootte van het chromosoom en het aantal genen op een chromosoom?
    Nee, er is geen verband tussen het aantal genen en de grootte van het chromosoom.
    Bv. chromosoom 19 is erg klein, maar bevat veel genen. Chromosoom 4 is groter, maar bevat minder genen dan chromosoom 19.
  • Is er een verband tussen het aantal genen en de complexiteit van een organisme?
    Nee, er is geen verband tussen het aantal genen en de complexiteit van een organisme.
    Bv. de mens is vrij complex en bevat 3,9 Gbp met 30.000 genen, terwijl een worm niet zo complex is met 0,1 Gbp, maar wel 20.000 genen bevat.
  • Hoeveel van het menselijke genoom codeert voor eiwitten en wat is de functie van het overige DNA?
    Het haploïde genoom bestaat uit 3*10^9 baseparen:
    - 30.000 genen
    - Ongeveer 1,5% van het totale DNA codeert voor eiwitten.
    - 5% regulerende sequenties

    - De helft van het genoom is single copie DNA


    - Rest van het genoom bestaat uit repeat sequenties
    Tandemrepeats (Y-chromosoom bestaat uit een 5nt repeat)
    Alu repeat (300 bp) (10% van het genoom)
    LINE (6000 bp) (20% van het genoom)

    Repeat sequenties zijn vaak recombinatieplaatsen (en liggen ten grondslag aan omkeringen, translocaties enz.).
  • Wat is het verschil tussen monoploïd en haploïd?
    Bij monoploïd heeft een somatische cel één chromosomen set en is dus n (komt niet bij de mens voor, maar wel bij andere diersoorten).

    Bij haploïd (letterlijk: helft van het oorspronkelijke materiaal) heeft een gameet één chromosomen set en is dus n (wel bij de mens).
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Summary - Class notes - medische genetica

  • 1446332400 college 1

  • op welk gebied word vooral in ziekenhuis anar gekeken?
    individueel ...
    hoog klinische penetratie
    lage relatieve risico
  • de omgeving en signalen zorgen voor het uiten of niet uiten van genen
  • waarvoor gebruik je de kennis?
    diagnose
    therapy
    voorkomen
  • wat kan het effect zijn van genen op geneesmiddelen?
    het is genetisch vastgelegd hoe e op medicijnen reageerd. zowel de goede als de bijwerkingen
  • wat izjn oorzaken van ziektes?
    omgevingsfaktoren
    genetische factoren
    deels genetisch deels omgeving
  • welkte type genetische ziektes izjn er?
    cromosoom afwijkingen
    monogene aandoeningen
    multifactoriele aandoeningen?
  • kenemreken monogene aandoeningen?
    vaak zeldzaam
    1-2 sterke mutaties
  • kenmerken multifactoriele aandoeningen?
    vaak algemeen voorkomend
    combinatie omgevingen eng enen
    oorzaak door veel zwakke mutaties
  • wat betekened medische genetica?
    achterhalen van de rol die genetica speelt in de ontwikkeling van humane ziektes
  • wat is genetisch counceling?
    een communicatie proces dat zich ebzighoud met de menselijke problemen geassocieerd met het verkomen of de kans op het voorkomen van een genetischce aandoeing in een famielie
  • hoe ontstaan chromosoom afwijkingen?
    numeriek:
    aneuploidies: exrta of ontbrekend
  • hoe kun je een trisomie krijgen?
    in meiose 1 of meiose 2
  • wat verschil tussen meiose 1 en 2 trisomie?
    meiose 1 heb je van alle genen een
    meiose 2 heb je van het tweede gen een extra stuk
  • wat is een reciproke translokatisie?
    brueken in twee vershcillende chromosomen beide chromosomen wisselen fragmenten uit
  • wat is gevolg van reciproke translokatie?
    bij geslachtscellen kan je ongeballanceert genend oorgeven.
    partieel trisomie en partieel monosomie1
  • wat is robertsoniaanse translocatie?
    2 lange q armen van twee vershcillende acrocentrische chromosomen versmelten. de korten p armen gaan verloren
  • wat is karyotypering?
    rangschikken van uitgeknipte tijdens celdeling gefotografeerde chromosomen op grond van lengte plaatsvan centromeer en...
  • wat is fish?
    detectie aan- of afwezichheid van een bepaalde genomisc regio met fluoricent gelebaled dna met behulp van een probew
  • hoe werkt fish?
    chromosomen op glaasje zetten
    probe labebelen aan dna
    lijkt door miscroskoop waart zichbaar is
  • welke soorten probes heb je?
    cennnntromeer probes
    chromosoom specifieke unieke probes
    probes die het gehele chromosoom aankleuren (mnulticolor probes
  • wat kun  je met fish?
    numerieke aafwijkeingen aantonen
    kleine delaties
    detecties van structurele afwijkingen
  • 1446418800 college 2

  • chormosome afwijkingen komen door grote mutatie op chromosom niveasu
  • monogame aandoeningen komen door kleine mutaties niet zichtbaar met fish of karyotiedingetje
  • welk puntmutaties zijn er?
    silent mutation
    amnicid verandering
    stop mutation (non sence)
  • hoe werkt pcr?
    primers/
    denaturatie->dubbbel naar enkelstrengs
    primers die eraan vast plakken
    dan afleizen
    dna vermenugvuldiging
  • hoe dna sequencing?
    je labeld de dna met gelabeld nucleotides: dankijk je heover welke zit met electoreferece(kan ook met chromodinges) je begint met de verste en dan steeds dichterbij end at is de volgorde
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Is een patiënt homozygoot of heterozygoot voor een allel?
B-allel frequentie = (1/totaal aantal allelen) * aantal B allelen

A-allel = meest voorkomende allel
B-allel = minst voorkomende allel

- Patiënt Q heeft 2 ongelijke allelen (genotype AB) --> B-allel frequentie = (1/2) * 1 = 0,5
- Patiënt R heeft 2 gelijke allelen A (genotype AA) --> B-allel frequentie = (1/2) * 0 = 0
- Patiënt S heeft 2 gelijke allelen B (genotype BB) --> B-allel frequentie = (1/2) * 2 = 1
Hoe wordt de SNP array  bepaling gedaan, met welke methode?
De log 2 ratio: de intensiteiten voor de twee kleurkanalen worden opgeteld
log 2 ratio = log2 (aantal allelen patiënt / aantal allelen verwacht)
- Patiënt Q heeft 2 allelen en er wordt verwacht dat er 2 allelen gedetecteerd worden (2 allelen is normaal) --> log2 ratio = log2(2/2) = log2(1) = 0
- Patiënt R heeft 1 allel, maar er worden 2 allelen verwacht --> log2 ratio = log2(1/2) = -1 = deletie (uit balans --> niet homozygoot of heterozygoot).
- Patiënt S heeft 3 allelen, maar er worden 2 allelen verwacht --> log2 ratio = log2(3/2) = 0,6 = duplicatie (uit balans --> niet homozygoot of heterozygoot).
Hoe werkt de SNP array?
1. Een DNA sequentie met een bekende SNP (A/C) denatureren.
2. Aan een illumina bead zit een 50-meer probe (oligo van 50 nucleotiden) tot de bekende SNP plaats.
3. Aan de probe wordt single base verlenging plaats met een T of G. Dit hangt er vanaf of de base op het allel van de patiënt een A of C is.
4. Als de T bindt --> rood signaal; als de G bindt --> groen signaal.
Er zijn twee allelen met elk een sequentie:
Genotype AA = op beide allelen een C --> 2x groen signaal = groen
Genotype AB = op één allel een A en op één allel een C --> 1x rood signaal en 1x groen signaal = geel
Genotype BB = op beide allelen een A --> 2x rood signaal = rood

A-allel = meest voorkomend
B-allel = minder voorkomend
Hoe wordt de CGH bepaling gedaan, met welke methode?
De log 2 ratio:
- Bij duplicatie is er een ratio 2:1 (2x zoveel) --> 2 log(2/1) = 1 --> boven 0 is meer dan normaal
- Bij deletie is er een ratio 1:2 (2x zo weinig) --> 2 log(1/2) = -1 --> onder 0 is minder dan normaal
- Normaal is 2 log (1/1) = 0 --> normaal is rond de 0.
Hoe werkt de array CGH?
Met de array CGH kunnen copy number variants (CNV) op het gehele genoom worden gedetecteerd: o.a. duplicaties/inserties (gain) en deleties (loss). Het is een vorm van metafase FISH.
1. Er wordt een metafase preparaat gemaakt van normaal materiaal.
2. DNA van de patiënt (sample) en referentie worden beide fluorescent gelabeld met een andere kleur (respectievelijk groen en rood in dit geval, maar kan ook andersom).
3. Het sample DNA en referentie DNA wordt toegevoegd op het preparaat. Na denaturatie om ssDNA te krijgen vindt hybridisatie plaats, waarbij concurrentie plaatsvindt tussen het sample DNA en referentie DNA om te binden aan het normale DNA op het preparaat.

Onder de fluorescentie microscoop kunnen de volgende resultaten worden gezien:
- Geel = zowel rood signaal als groen signaal, allebei evenveel. Patiënt heeft de normale hoeveelheid DNA (geen copy number variants).
- Rood = veel rood signaal, dus veel referentie heeft gebonden en weinig patiënt. De patiënt heeft dan weinig van dat deel DNA (deletie).
- Groen = veel groen signaal, dus veel patiënt heeft gebonden. De patiënt heeft dan veel van dat deel DNA (duplificatie).
Waarvoor staat de afkorting CGH?
Comparative genomic hybridization
Welke drie technieken worden gebruikt om een copy number variant (CNV) te detecteren?

In het UMCG:
- Array CGH (niet veel meer gebruikt)
- SNP array (wordt nu vaak gebruikt)
- Next-generation sequencing: o.a. Illumina methode (steeds meer): gebruik van “read depth” voor aantonen van CNVs
Wat is de MinION?
De MinION is een portable real-time sequencing techniek (third generation sequencing).
Wat is de PacBio?
PacBio = Pacific Bioscientific, een bedrijf dat een type sequencing methode ontwikkelt (voor in de toekomst): single molecule real-time (SMRT) sequencing (real-time sequencing = third generation sequencing).

Bij deze techniek zijn er ook fluorescente dNTPs met elk een andere kleur. Nucleotiden worden door DNA polymerase aangehecht aan een primer. In dit geval bevindt het fluorochroom zich aan de laatste fosfaatgroep van de nucleotiden. Deze laatste fosfaatgroep wordt er tijdens het aanhechten van een volgende nucleotide vanaf gehaald voor het vormen van een fosfodiesterbinding, waardoor het real-time een kleur licht uitstraalt. De ingebouwde nucleotide blijft in dit geval dus gewoon zitten.
Wat is het verschil tussen contig assembly en alignen naar referentie genoom?
Bij contig assembly is er geen voorbeeld genoom aanwezig, waardoor de DNA fragmenten qua volgorde in elkaar gepuzzeld moeten worden aan de hand van overlappende delen van de gesequencede sequenties (geen RefSeq).
- Contig assembly is afhankelijk van de overlap  tussen reads.
- De bekende sequenties van de reads komen meerdere keren voor (coverage of 'read depth': 30x coverage betekent dat elke base in het genoom 30x gesequenced is).
- Meer coverage maakt het puzzelen makkelijker (meer zekerheid = betere resolutie).
- De coverage kan worden verhoogd door meer reads of langere reads te gebruiken (bij een minder nauwkeurige methode).
- Contig is een dus ‘continue’ DNA sequentie door reads te ‘assembelen’.

Bij alignen naar referentie genoom kan de volgorde van de gesequencede DNA fragmenten worden bepaald door te vergelijken met een bestaand genoom (er is een voorbeeld aanwezig).    
- Reads worden gealigned dmv overlap en gechecked aan refseq (referentie genoom).