Summary Class notes - MIB11306

Course
- MIB11306
- Erwin Zoetendal
- 2015 - 2016
- Wageningen University (Wageningen University, Wageningen)
- Voeding en Gezondheid
552 Flashcards & Notes
1 Students
  • This summary

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

PREMIUM summaries are quality controlled, selected summaries prepared for you to help you achieve your study goals faster!

Summary - Class notes - MIB11306

  • 1462744800 Micro-organismen en microbiologie

  • Voorbeelden van micro-organismen
    • Tiomargarita namibiensis
    • Borrelia burgdorferi
    • Haloquadratum walsbyi
  • hoeveel individuele cellen zitten er in een kolonie
    10 tot de 7de 
  • Tiomargarita namibiensis
    • bacterie
    • leefomgeving in sediment op 100m diepte --> micro-aërofiel
    • groei in strengen
    • doorsnee individuele streng 100-300 micrometer
    • één grote vacuole met nitraat (tot 0,8M) --> zichtbaar
    • meerdere insluitsels met zwavel
    • nitraat als elektronenacceptor: oxidatie van zwavel gekoppeld aan reductie van nitraat --> energie
  • Welke twee cellen zijn er
    prokaryoot en eukaryoot

  • Borrelia burgdorferi
    • spirocheet = bacteriën die zich voortbewegen d.m.v. roterende axiale filamenten (endoflagellen) in het periplasma
    • veroorzaakt ziekte van Lyme (borreliosis)
    • groeigeneratietijd 12-24 uur 
    • leefomgeving micro-aërofiel, optimale temperatuur 32 graden Celsius
    • één lineair chromosoom
    • voorkomen ook in cystevorm (celwand) of L-vorm (geen celwand) --> bescherming tegen antibiotica
    • buitenmembraan met verschillende unieke oppervlakte-eiwitten
  • de structuur van de prokaryoten cellen
    zie plaatje
  • Haloquadratum walsbyi
    • archeae
    • extreem halofiel
    • vorm vierkant met rechte hoeken --> 1600 micrometer^2
    • veel gasvacuoles --> positionering parallel aan vloeistofoppervlakte
    • energievastlegging d.m.v. fotosynthese
    • optimale leefomgeving bij hoge zoutconcentraties (>3M NaCl) en magnesiumconcentraties (>2M MgCl2, DNA-stabiliteit)
    • halomucine = eiwit in slijmlaag voor binden van vrij water
  • de structuur van de eukaryoten cellen
    zie het plaatje

  • Structuur en activiteit van microbiële cellen
    Eukaryoot:
    • echte kern
    • mRNA moet door kernmembraan heen --> transcriptie en translatie zijn fysiek gescheiden
    Prokaryoot:
    • voor-kern
    • bacteriën en archeae
    • DNA/mRNA zijn in direct contact met ribosomen
    • chromosomen van archea gelijken die van bacteriën, maar zijn opgerold en replicatie komt overeen met die van eukaryoten
  • eukaryoot  -  echte-kern
    prokaryoot  -  voor-kern 
  • Virussen
    • naakt virus = DNA/RNA (geen ribosomen), eiwitmantel, vetlaag 
    • gistcel > bacteriecel > virus
    • ebolavirus: filovirus --> inwendige bloedingen door afwijkingen in het bloed  
    • griep 
  • eukaryoten: mRNA moet door kernmembraan heen (transcriptie en translatie zijn fysiek gescheiden)

    prokaryoten: DNA/mRNA zijn in direct contact met ribosomen 
  • Oceaan met virussen
    • 10^6-10^9 virusdeeltjes per ml zeewater
    • meeste virusdeeltjes zijn bacteriofagen 
    • ~70% van de mariene bacteriën/algen geïnfecteerd 
  • prokaryoten
    bacteriën en archaea
  •  Eigenschappen prokaryoten versus eukaryoten
    • kern
    • chromosomen
    • mitochondriën
    • chloroplasten
    • E.R.
    • celwand
    • ribosomen 
  • Archaea
    chromosoom(omen) lijkt op dat van bacteriën, maar het opgerold/gepakt zijn en de replicatie komt meer overeen met die van eukaryoten. 

    Het zijn geen bacteriën, ze zien er wel hetzelfde uit 
  • Eigenschappen en karakteristieken van cellen
    Alle cellen:
    • metabolisme
    • groei
    • evolutie
    Sommige cellen:
    • differentiatie
    • communicatie
    • genetische uitwisseling
    • bewegelijkheid
  • Wat hebben virussen nodig?
    Een gastheer
  • Evolutie en diversiteit van microbiële cellen
    • micro-organismen (prokaryoten) zijn de oudste bewoners op aarde --> 3,8 miljard jaar
    • micro-organismen zijn grotendeels verantwoordelijk voor de huidige condities op aarde 
  • bacteriofagen
    virussen die bacteriën verteren
  • Fylogenetische boom
    • stamboom voor bacteriën, archeae en eukaryoten
    • sequencen van rRNA-gen voor het genereren van een fylogenetische boom
  • Verschillen tussen prokaryoten  en eukaryoten cellen
    zie plaatje
  • PCR
    • Polymerase Chain Reaction = polymerase kettingreactie
    • vermeerderen van DNA
  • Waar vindt energieomzetting plaats in een bacterie? (eukaryoot en prokaryoot)
    eukaryoot - mitrochondrienen (membraan ervan)
    prokaryoot - cytoplasma membraan 
  • Microbiële termen
    • habitat = het milieu waarin een microbiële (meng)populatie leeft
    • mengcultures=gemengde populatie van verschillende soorten micro-organismen
    • ecosysteem = geheel van alle levende organismen met fysieke en chemische componenten van die habitat (aquatisch, terrestrisch, hogere organismen)
  • een cel is een open systeem, het kan dingen opnemen en afgeven aan de omgeving.
  • Leefomgeving van micro-organismen
    • minimum, maximum en optimum omstandigheden
    • vloeibaar water als belangrijkste voorwaarde voor microbiële activiteit
  • bacteriën zijn 3,8 miljard jaar geleden ontstaan
  • Functie micro-organismen
    • micro-organismen (bacteriën/archeae) zijn de kleinste en oudste bewoners op aarde --> verantwoordelijk voor de huidige condities op aarde
    • micro-organismen omvatten het grootste deel van de biomassa van de aarde
    • micro-organismen zijn bepalend voor het in standhouden van ons milieu (O2-productie)
    • micro-organismen spelen een positieve/negatieve rol in ons leven
  • hoe komt zuurstof in de lucht
    fotosynthese 
    evolutie:

    • anoxygene fototrope bacteriën 
    • ontstaan van cyanobacterien 
    • ontstaan van eukaryoten 
    • algen diversiteit 
    • (invertebraten met schaal)
    • vasculaire planten 
  • Functies micro-organismen in ons leven
    Positief:
    • landbouw, voedsel, energie, milieu
    Negatief:
    • resistentie --> MRSA = meticilline-resistente Staphylococcus aureus 
  • wat is de 'last universal common ancestor' (LUCA)
    dat er 3 domeinen zijn ontstaan en dat deze ieder hun eigen kant op zijn gegaan:
    • bacteriën 
    • archaea 
    • eukaryoten 
  • Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723)
    • protozoa en bacteriën via 'microscoop'
    • vanaf 1673 bevindingen naar Royal Society of London 
  • Wat is een fylogenetische boom?
    het geeft aan hoe organisme verband aan elkaar zijn. 

    Er is gekeken naar het sequenceren van het rRNA gen voor het generen van een fylogenetische boom. (er is rRNA gekozen om dat elk organisme dit in zich heeft en hier eventuele veranderingen goed aan te zien zijn)

    de takken van de boom geven aan hoever het rRNA verschilt en hoever ze dus uit elkaar liggen 
  • Louis Pasteur (1822-1895)
    • gebrek aan goede lenzen voor bestuderen van micro-organismen
    • onderscheid aeroob en anaerobe micro-organismen  
    • organismen (bacteriën en schimmels) die met en zonder zuurstof kunnen leven
  • habitat =
    Het milieu waarin een microbieel populatie leeft/verblijft
  • Aeroob versus anaeroob
    • aeroob organisme gebruikt zuurstof als elektronacceptor in ademhalingsketen voor generatie van energie (ATP)
    • anaeroob organisme gebruikt anorganische elektronacceptor of is fermentatief (zelfgemaakte organische verbinding als elektronacceptor) 
  • microorganismen bestaan in de natuur over het algemeen als mengcultures/-populaties (microbieel communities)
  • Oxidatietoestand
    • oxidatiegetal
    • hoe geoxideerd (elektron-arm) of gereduceerd (elektron-rijk) een stof is
  • ecosysteem =
    ecosysteem omvat alle levende organismen plus de fysieke en chemische componenten van die habitat (aquatisch, terrestrisch, hogere organismen) (= de niet levende omgeving)
  • Alexander Fleming 
    •  ontdekking van antibiotische werking van penicilline in staphylococcus-kweek
    • penicilline was al ontdekt in 1896 door Duchesne 
  • wat is de belangrijkste voorwaarde voor microbieel activiteit
    (vloeibaar) water
  • Martinus Beijerinck (1851-1931)
    • microbiële ophopingstechnieken (selectieve media)
    • N2-binding door Azotobacter en Rhizobium 
    • sulfaatreducerende bacteriën  
  • MRSA =
    meticilline-resistente staphylococcus aureus
  • Sergei Winogradsky (1856-1953) 
    • micro-organismen die ijzer/zwavel/ammonium/etc. oxideren
    • chemolithotrofie (enzymen) --> nitrificatie/sulfide-oxidatie 
    • chemolithoautotrofie = micro-organismen die elke verbinding waarin C/N/S/Fe/Mn/Se in gereduceerde vorm voorkomt als energiebron gebruiken
  • Wat voor ontdekking heeft Antonie van leeuwenhoek (1632-1723) gedaan
    hij heeft een microscoop gemaakt 
    (dit deed hij om naar zijn stoffen te kijken, of deze van goede kwaliteit waren)
  • Welke twee elektronen-microscopen zijn er?
    TEM -> structuur 
    SEM -> 3D
  • Wie kwam er na leeuwenbroek (zo'n 200 jaar later)
    Louis Pasteur (1822-1895)
  • Wat heeft Louis Pasteur ontdekt
    Dat je aerobe en anaerobe micro-organismen hebt. 

    aëroob haalt adem met zuurstof; elektron acceptor 
    anaeroob organisme haalt adem met andere elektronacceptor van buitenaf: NO3 -, SO4 2-, CO2, Fe 3+ etc
  • elektronacceptoren zijn elementen of verbindingen die een of meer elektronen kunnen opnemen; ze worden daarbij gereduceerd.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Hoe meet je het glucose gehalte van je bloed? Welke enzymen en reacties zijn daar voor nodig
  • glucose oxidase is specifiek voor beta-D-glucose 
  • glucose oxidase gebruikt FAD als een reducerend cosubstraat 
  • glucose oxidase is een flavoproteine en gebruikt FAD als electronen-acceptor 
  • FAD moet je nu gaan meten 
  • FADH2 wordt door een tweede enzym (peroxidase) geoxideerd en er wordt H2O2 gevormd 
  • 0-dianisidine wordt bruin na de vorming van H2O2 een dit kun je meten in een spectrofotometer. 
Welke 3 methodes zijn er om het glucose gehalte te meten in het bloed?
  1. chemische reductie van een metaal-ion door glucose (weinig specifiek)
  2. condensatie met 0-toluidine tot een glucoseamine dat groen is (0-toluidine is toxisch en erg corrosief)
  3. enzymatisch met behulp van glucose oxidase (specifiek voor beta-D-glucose rest is alfa-D-glucose; storing door ascorbinezuur en ureum)
Welke enzym neem je? (concentratie glucose in bloed)
  • moet km hebben in de buurt van concentratie glucose in bloed, eentje vinden die liefste iets hogere km heet 
  • als je enzymactiviteit wil regen moet je niet veel hogere concentratie hebben: continu actief --> dan kun je in stijle deel van grafiek meten 


hoe meet je H2O2 productie?
  • reageerbuizen die van kleur veranderen bij bepaalde activiteit van enzym
  • nu strip met druppel bloed --> kleurverandering zegt hoeveel glucose je hebt 
Wat is de functie van de citroenzuurcyclus
  • energiegenerering 
  • allerlei verbindingen maken (anabole activiteit ) (daarom controle essentieel)
Het pyruvaat dehydrogenase (PDH) complex is een van de belangrijkste snelheidsbepalende enzymen Inn de citroenzuur cyclus want:
  1. een hoge concentratie aan NADH remt PDH
  2. PDH wordt geremd door fosforylering (covalente modificatie)
hoe heet de reductie van nitraat waarbij NH3 wordt gevormd en vervolgens uitgescheiden door een bacterie?
dissimilatorische nitraatreductie
homofermentatieve melkzuurbacteriën zetten glucose door middel van fermentatie om in melkzuur (lactaat) waarbij 2 ATP wordt gevormd. in welk proces van het glucose catabolisme wordt deze ATP gevormd?
glycolyse
Noem twee anorganische verbindingen
H2S
S^0
noem drie functies van het cytoplasmamembraan van prokaryoten
  1. semipermeabele wand 
  2. plaats van eiwitten die betrokken zijn bij tal van processen 
  3. energieconservering (proton motive force)
wat is de verdeling van de bacterien in het verteringsstelsel?
maag: <10^4
jejunum: 10^3 - 10^5
ileum: 10^8 
dikke darm: 10^11 - 10^12