Summary Class notes - moleculaire biologie en medische biologie

Course
- moleculaire biologie en medische biologie
- Rots, Linskens, enz
- 2014 - 2015
- rug
- lifs, science and technology
455 Flashcards & Notes
1 Students
  • These summaries

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

Summary - Class notes - moleculaire biologie en medische biologie

  • 1417388400 college 1, hfst. 1, hfst 7, hfst 8

  • Op welke 3 manieren kun je ziektes aanpakken?
    - begrijpen
    - diagnosticeren
    - therapie
  • Wat is cDNA?
    Dit is copy of complement DNA. Het wordt uit RNA verkregen. Door reverse transcriptie. Het bevat geen intronen en wordt bijvoorbeeld gebruikt bij DNA  microarrays.
  • Wat is siRNA?
    Dit is klein interferend RNA wat bestaat uit een aantal nucleotiden (20-25) en beïnvloedt de expressie van genen. Ze worden aangemaakt tijdens de RNA interferentiecyclus maar ze kunnen ook door onderzoekers van buiten de cel in de cel gebracht voor het uitschakelen van een gen. Het kan met behulp van een virus de cel in worden gebracht, maar het kan ook afgelezen worden met behulp van een plasmide. 
  • Op welke manieren ontstaat er nieuw DNA?
    Ten eerste al het nieuwe DNA ontstaat uit bestaand DNA
    - Er kan een mutatie optreden bijv. door een fout in de DNA replicatie
    - Genduplicatie: een gen kan gedupliceerd raken (vertweevoudigd)
    - Er kan hybridisatie optreden van 2 genen. (cross over)
    - horizontale genoverdracht: DNA van de ene cel kan overgeplaatst worden naar DNA van een andere cel en zo variatie opleveren.i.t.t verticale genoverdracht waarbij DNA wordt doorgegeven van ouder op kind. 
  • Wat is comparative genomics?
    Dit is het zoeken naar  homologen, in andere beter gekarakteriseerde (makkelijkere) organismen. 
  • Wat zijn verschillen van prokaryoten, eukaryoten en meercelligen?
    prakaryoten: bacterien (mitochondria en chloroplasten)
    eukaryoten (celkern): gist
    meercelligen: planten, wormen, vliegen, muizen.
  • De grootte van het genoom is niet representatief voor de complexiteit van een organisme. Eencelligen hebben bijvoorbeeld een veel groter genoom dan de mens. De reden is dat er bij de mens slechts 1,5% van het DNA eiwit-coderend is en bij bacteriën wel 11%. 
  • Heel veel van het menselijk genoom bevat regulerende sequenties die een functie hebben in het bepalen van hoeveel eiwitten er worden gemaakt. Er bestaat geen junk DNA meer, aangezien dit DNA (40%) veel verschillende functies kan hebben, zoals intronfunctie (2/3), retrovirale delen (LINEs en SINEs), promoters.
  • Wat is het encode project 2012?
    Dit project brengt de DNA elementen in kaart. (encyclopedia of DNA elements). het gaat dan bijvoorbeeld om chromosoominteracties, transcriptiefactoren binding sites), DNA methylatie, RNA expressie. 75% van het genoom maakt wel RNA terwijl er veel minder eiwitsynthese plaatsvindt. Hieruit volgt dus dat er naast het mRNA ook heel veel nietcoderend RNA is. 
  • Wat is miRNA?
    Dit is complementair aan een klein stukje van het mRNA op het 3'UTR gebied. Door hier aan te binden wordt de translatie van het mRNA tegengehouden. 
  • Hoe wordt miRNA geprocesst?
    Het DNA wat codeert voor miRNA is groter dan het miRNA zelf en bevat ook een tegengesteld element. Wanneer dit miRNA wordt afgelezen vormt het met het complementarie DNA een dubbelstrengslus; pri-miRNA. Dit wordt getransporteerd naar het cytosol. RNA-III-endonuclease knipt er nog eens 20-25 nucleotiden af zodat het miRNA ontstaat, wat gegeven wordt aan RISC (RNA-geinduceerd stiltiecomplex). Binnen het RISC zal het miRNA als een gids dienen voor argonaut eiwitten (het bindt aan argonaut eiwitten die de het mRNA kunnen  blokkeren, maar zelf niet aan mRNA kunnen binden) en zo de mRNA translatie blokkeren of het mRNA degraderen. Of het mRNA gaat degraderen of dat er een verminderde transcriptie plaatsvind wordt bepaald door het feit of het miRNA ook goed past op het mRNA. 
  • Wat is het RITS complex?
    Dit is het RNA-induced transcriptional. Het wordt veroorzaakt door siRNA en het complex triggert de downregulatie van transcriptie in het DNA. Het heeft ook te maken met centromere chromatine. 
  • Wat is RNAi?
    Dit is RNA-interferentie en berust op de remming van mRNA door de complementaire streng. RNAi bevat een sequentie die complementair is aan het uit te schakelen mRNA. Het bindt aan elkaar en wordt daarna herkend door het enzym Dicer dat het knipt in short interfering RNA's (siRNA's). Deze kunnen genen aan of uit zetten. Dit werkt niet voor alle genen, want er zijn vaak ook effecten zichtbaar op andere genen. 
  • Veel genen coderen zelf ook weer voor regulatoire eiwitten. 
  • Hoe vindt genexpressie regulatie plaats?
    Hier spelen transcriptiefactoren een rol in, er moeten ook DNA-interacties plaats kunnen vinden, en de transcriptiefactoren moeten ook kunnen binden. Ook post-transcriptioneel vindt er regulatie plaats via miRNA's en stabiliteit enz.
  • Wanneer is DNA ziek?
    - als er fouten in het DNA zitten in het eiwit-coderende gebied waardoor er geen eiwitsynthese meer plaatsvindt.
    - als er fouten in het DNA zitten in het regulatoire gebied waardoor er te weinig of teveel eiwit wordt gemaakt. 
  • Alles wat leeft heeft DNA, de lengte van het DNA zegt niets over de complexiteit van het organisme, maar voor veel DNA gebieden is de functie nog onbekend en voor veel eiwitten is de functie ook nog onbekend. 
  • Wat zijn mono-genetische afwijkingen?
    mutaties in het eiwitcoderende gebied waardoor er geen eiwitactiviteit is. Er zijn ook mutaties in de regulerende gebieden waardoor je te weinig eiwit kunt hebben. 
  • 30% -60% van de genen komt wel tot expressie in de meeste cellen. Bijv. eiwitten voor DNA-replicatie, metabolisme, cytoskelet. Sommige eiwitten komen alleen in één celtype voor zoals hemoglobine in rode bloedcellen. Elke cel bevat hetzelfde DNA, maar niet alle genen komen tot expressie in elke cel. Daarom zijn er zo'n 200 verschillende celtypen. De expressieprofielen worden onthouden tijdens de celdeling (mitotisch stabiel)
  • 1 cel kan weer tot het volledige organisme uitgroeien door deze cellen te laten prolifereren, te laten scheiden, 1 cel te laten kloneren, waardoor er weer hetzelfde organisme ontstaat als waar de cel van wordt weggenomen. Dit kan ook voor een kikker door de kern van een eicel te vervangen door de kern van een huidcel dmv UV-licht.  Op deze manier is er de mogelijkheid tot kloneren (ook bij grote dieren).Tijdens de ontwikkeling verandert de genexpressie om tot verschillende celtypen te komen maar de DNA-volgorde blijft gelijk.
  • Wat iPS?
    induced pluripotent stemcells. een pluripotente cel kan nog tot alles uitgroeien. Bij deze techniek kunnen pluripotente cellen worden verkregen van volwassen cellen dmv.  4 verschillende soorten transcriptiefactoren. Door deze techniek is het niet nodig om embryo's meer te gebruiken voor stamceltherapie.  Er vindt geen DNA volgorde verandering plaats zoals bij gentherapie, maar een DNA herrangschikking. Een nadeel van iPS zou kunnen zijn dat er kanker ontstaat.
  • Het fenotype van een ziekte is vaak het gevolg van meerdere ziekten samen.
  • Wat doen de -omics?
    Bij dit onderzoek is er geen sprake van een hypothese vooraf. Er worden verschillende groepen met elkaar vergeleken. En er wordt gezocht naar associaties. 
  • Wat is genomics?
    De studie van nucleotide sequentie van het (gehele) human DNA. (genoom)
  • Wat is epigenomics?
    De studie van epigenetische factoren over gehele humane genoom van 1 celtype omdat de epigenetica juist bepaald van welk weefsel een cel afkomstig is. Daarom moeten de cellen puur zijn. 
  • Wat is transcriptomics?
    De studie van alle (eiwitcoderende) RNA fragmenten. van 1 celtype. (transcriptoom).
  • Wat is proteomics?
    De studie van alle eiwitten van 1 celtype. Dit zorgt voor meer info dat genomics, epigenomic en transcriptomics vanwege, alternative splicing en postranslationele modificaties. 
  • De genetica en de epigenetica staat niet volledig los van elkaar want de DNA-sequentie bepaald ook in zekere mate waar de vlaggetjes op het DNA komen. Tegelijkertijd staan ze wel weer los van elkaar aangezien de DNA volgorde in elke cel gelijk blijft. Genenpaspoorten zijn uittreksels van het genoom en niet per se voorspellend. 
  • Met het genomics project is nog niet zoveel vooruitgang geboekt als verwacht. (gentherapie, prenatale diagnostiek)
  • Waar houdt epigenomics zoal mee bezig?
    - nucleosomen dichtheid, histonmodificaties, histonvarianten, DNA methylatie.
    Ze leggen de DNA methylatie en de histonmodificaties vast voor veel celtypen. 
  • Waar houdt transcriptomics zich mee bezig?
    Het zorgt voor een overzicht van genexpressieniveaus. met betrekking tot verschillende weefsels, verschillende patienten, verschillende organen, verschilllende stimuli. Het is het typeren van onbekend weefsel aan de hand van micro-arrays met computers.
  • Hoe werkt de micro array techniek?
    Het werkt met een micro array plaat met daarop een grote hoeveelheid spots en in elke spot zit een ander gen. Dit zijn de genen waar onderzoek naar wordt gedaan en worden ook wel probes genoemd. Daarnaast worden er controle en proef monsters voorbereid. Als proefmonster kunnen bijvoorbeeld hersentumorcellen genomen worden. Deze worden dan fluorescerend rood gelabeld. Als controlemonster kunnen dan normale hersencellen genomen worden welke dan fluorescerend groen worden gelabeld. Deze twee groepen zijn voor de labeling eerst omgezet naar cDNA met reverse transcriptase. Deze twee mengsels worden dan vervolgens gemengd en in elk spotje gedaan. Het cDNA zal dan binden aan de genen in de spots die een complementaire streng hebben. Na incubatie en wassen van al het cDNA wat niet heeft gebonden kan het onder de lichtmicroscoop worden bekeken. Als een spot groen is dan is de mate van expressie van de probe in gezonde hersencellen hoger, is het rood dan is de mate van expressie van de probe in hersentumorcellen hoger, is het geel dan is de expressie van de probe in beide cellen even hoog en is het zwart dan vindt er geen expressie plaats in hersencellen. 
  • Waar houdt proteomics zich mee bezig?
    Met de studie van alle eiwitten op een bepaald moment in een bepaald celtype. 1 eiwitcoderend gen heeft meerdere isoformen en dus zijn er meerdere modificaties mogelijk. Hierbij wordt vaak gebruik gemaakt van 2-dimensionale gelen. Hoe hoger een eiwit komt hoe gemakkelijker het kan doordringen en hoe meer links een eiwit komt hoe zuurder het is. Rood geeft weer dat het eiwit in beide weefsels aanwezig is en blauw geeft weer dat het eiwit alleen in een bepaald weefsel aanwezig is. tegenwoordig wordt dit gedaan met massaspectrometrie wat veel gedetaileerder is.
  • Er zijn dus heel veel verschillende nivo's van regulatie en verschillende celtypen reageren verschillend op hetzelfde signaal. 
  • Op welke 4 manieren kunnen eukaryoten activator eiwitten lokale veranderingen in de chromatine structuur aanbrengen om zo de transcriptie initiatie te stimuleren?
    1) verandering van het nucleosoom (verandering van het complex bestaande uit DNA en histonen dat de genexpressie regelt)
    2) histonverwijdering
    3) histonvervanging
    4) histonmodificerende enzymen. 
    Deze processen kunnen ook andersom werken waardoor er een repressie van de expressie ontstaat. Of DNA nu open of dicht is maakt niet uit voor een transcriptiefactor.
  • Wat is random mutagenesis?
    willekeurige mutaties maken door bijvoorbeeld met chemie of door bestralen. vervolgens het gewenste fenotype isoleren en verder onderzoeken. Dit zijn genetische screens.
    Je kunt hetzelfde effect ook krijgen door insertionele mutagenesis door een retrovirus te nemen bijvoorbeeld. Het voordeel hiervan is dat je te maken hebt met een bekende sequentie in het host genoom. 
  • Hoe gaan temperatuurgevoelige mutaties?
    Deze mutaties hebben veel inzichten gegeven in celcyclus genen. Je hebt een petrischaaltje met gemutageneerde cellen bij een temperatuur van 23graden. Deze worden gedupliceerd. Waarvan vervolgens het ene petrischaaltje bij een temperatuur van 36 graden wordt gehouden. Dan valt op dat bij deze temperatuur sommige cellen in apoptose gaan. wat betekent dat door de lage temperatuur sommige celcyclusgenen van conformatie zijn verandert. Normaal gesproken maakt de temperatuur niet zoveel uit, maar door de mutatie kunnen deze eiwitten zich niet meer zo goed vouwen bij 36 graden. 
  • Met RNAi kunnen genen aan of uit gezet worden. Een worm kan dit heel makkelijk eten, of het kan ook heel gemakkelijk in de worm worden gespoten. Je kunt bij de worm ook temperatuurgevoelige mutaties testen.
  • Op welke manier wordt bij mensen naar een ziekte veroorzakende mutatie gezocht?
    aan de hand van bekende markers via SNP's single nucleotide polymophisms Dit is succesvol bij cystische fibrose en bij huntington geweest
  • Hoe gaat linkage analyse?
    Er wordt gekeken of een SNP ook meeervt met een mutatie. Deze SNP moet dan wel zichtbaar zijn in het fenotype. Als dit het geval is, dan is de kans groot dat mutatie van de ziekte vlakbij de SNP ligt omdat er dan minder crossing over heeft plaatsgevonden. Als er namelijk crossing over heeft plaatsgevonden dan lag de SNP verder weg van de mutatie. Dus hoe groter de afstand tussen twee loci op een chromosoom, hoe groter de kans dat deze zullen worden gescheiden dmv crossing over. 
  • Wat is een haplotype block?
    Dit gaat over gebieden die in de opeenvolgende generaties steeds als één volgorde zijn doorgegeven. HapMap is een catalogus met veelvoorkomende genetische varianties. Bij mensen is er sprake van 0,1% SNP's, die bij iedereen ongeveer gelijk zijn. 
  • Hoe kun je het aanpakken als je wilt weten waar een mutatie voor een bepaalde ziekte is gelokaliseerd?
    - Je kunt alles sequencen
    -Je kunt alleen alle SNP's gaan bepalen (0,1%)
    - Je kunt 1 SNP per haploblock gaan bepalen (1/30)
  • haplotype blocken worden echter wel kleiner in de tijd.
  • Wat is Gwas?
    genome wide association studies. Het zoeken naar genetische variatie in grote groepen (patienten versus niet patienten). welke geassocieerd is met een ziekte. Maar het merendeel van de SNP's liggen niet in eiwitcoderende gebieden maar in regulatoire gebieden. 
  • Wat is dominant negatief?
    Hierbij is het genproduct verandert waardoor het het wildtype genproduct antagoneert. Als er 1 deel van een eiwit geinactiveerd raakt dan zal dat de rest van het eiwit ook negatief beinvloeden. verlies van functie.
  • Wat is genadditie?
    Dan worden er genen toegevoegd wat zorgt voor een nieuwe activiteit en een verhoogde expressie. Het kan ook zorgen voor een misexpressie. 
  • Op welke manier kun je mutaties aanbrengen op plaatsen van interesse?
    Dit kan via site directed mutagenesis. Hierbij wordt gebruik gemaakt van een recombinant plasmide met een geinserteerd gen. Dit wordt gescheiden in 2 losse strengen, waarna er een synthetisce primer gaat binden aan de strengen, met 1 verschil in de nucleotidenvolgorde. Dmv in vitro DNA syntese wordt het geheel dubbelstrengs gemaakt, waarna DNA ligase wordt toegevoegd. Het geheel wordt daarna in een cel gedaan waar het wordt gerepliceerd. Hierbij krijgen de helft van de nakomelingcellen de mutatie, maar deze kunnen worden geidentificeerd. 
  • Er kan ook een gen in het genoom worden aangebracht die een ander gen in het genoom tegengaat. Er kan dus zowel genadditie, genknock out als genvervanging plaatsvinden. 
  • Op welke manier kan de HIV receptor bijvoorbeeld worden geinactiveerd?
    Dit kan bijvoorbeeld door een dubbestrengsbreuk te maken. Dit soort breuken wordt niet altijd even goed weer gerepareerd. Hierdoor kan deze receptor worden geinactiveerd. 
  • Transgenen zijn niet hetzelfde als klonen. 
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Summary - Class notes - Moleculaire Biologie en Medische Biologie

  • 1448838000 Les 1 Rots

  • Eerste oercel -> vele soorten: gemeenschappelijke genen.
    Gensequentie voorspelt genfunctie?
    Comparative genomics: zoeken in bacteriën bijv. gist staat dichtbij ons, niet erg als die dood gaat, vergeleken met de mens.
  • Comparative genomics:
    Zoeken in homologen (bacteriën/gist)
  • Model organismen: voorkeur naar celkernigen, maar het liefst meercelligen.
  • Genoom grootte: niet-coderend materiaal maakt ons vooral anders dan de bacterie/amoebe. Materiaal dat codeert wordt op verschillende manieren gebruikt.
  • ENCODE project: 80% van het genoom heeft een functie!
    1. chromosoom interactie (gemiddeld 4 interacties per promotor)
    2.binding sites (transcriptiefactor,...)
    3.DNA methylatie: 98% van CpGs variable gemethyleerd
    4.RNA expressie 75%van het genoom maakt RNA
    Junk mag niet meer gezegd worden, want dit heeft wel degelijk een functie!
    - introns (genexpressie-regulatie) 2/3 deel van "junk"
    - genexpressie-regulatie (promotors)
    - non-coding RNAs (genexpressie regulatie)
  • 80% van het genoom heeft een functie, noem er 4.
    Chromosoom interactie, binding sites, DNA methylatie en RNA expressie.
  • RNA interference: in de kern wordt RNA molecuul gemaakt die zichzelf kan vouwen. Buiten de kern met andere eiwitten "geprocessed", daarna mRNA afgebroken. Of met minder overeenkomsten, minder translatie en eiwit minder tot expressie en/of uiteindelijk ook afgebroken. RNA interference heeft ook effect op eiwit niveau/productie als er geen 100% match is. (RNAi)
    Nog een manier: buiten de kern, geknipt en kan weer de kern in, complementair met ander stuk.
    RISC = RNA induced silencing  complex.
    RITS = RNA induced transcriptional silencing . Door RITS blijven deze eerste twee mogelijkheden "uit", blijvend effect.
  • Nieuwe genen uit bestaand DNA:
    1. Intragenic mutation
    2. Gene duplication
    3. DNA segment shuffling
    4. Horizontal transfer
  • Genexpressie regulatie: rol van transcriptiefactoren.
    Veel genen coderen zelf weer voor regulatoire eiwitten
  • Genexpressie regulatie: meer dan transcriptie factoren.
    - DNA interacties (enhancers,...)
    - Toegankelijkheid DNA (epigenetica)
    - Post-transcriptioneel (miRNAs, stabiliteit)
  • Non coding RNAs: gen-expressie regulatoren
    RNAi = mRNA afrbaak en/of chromatine verandering doorgegeven aan dochtercellen (nageslacht) -> epigenetica.
  • Wat zijn IPS-cellen?
    induced pluripotent stem cells, geen DNA volgorde aanpassing,  maar reprogrammeren zonder kern transplantatie.
  • Ziek DNA? Fouten in basepaar volgorde:
    Mutaties in eiwit-coderend gebied: geen eiwit activiteit.
    Mutaties in regulerend gebied: te weinig/veel eiwit.
    Amplificaties van eiwit-coderende gebieden
  • Epigenomics: studie van alle (genoom-brede) overerfelijke informatie, die niet in de DNA sequentie vastligt, maar wel het functioneren van het genoom bepaalt. (genexpressie patronen, per celtype anders).
    - DNA methylatie
    - histon modificaties
    -histon varianten
    -nucleosoom dichtheid
  • Transcriptomics: Micro-arrays
    overzicht van gen-expressienivo's in:
    -verschillende weefsels
    -verschillende patienten
    -verschillende stimuli
    -> typeren van onbekend weefsel.
  • Proteomics: studie van alle eiwitten op een bepaald moment in een bepaald celtype (1eiwit coderend gen -> meerdere isoformen, meerdere modificatie mogelijk) 
    2 dimensionale gelen.
  • Fenotype: genexpressie-regulatie
    Heel veel verschillende nivos van regulatie.
    RNA transcriptie de belangrijkste (?)
    Verschillende celtypen reageren verschillend op een zelfde signaal
  • H8: Genfuncties
    Klassieke genetica: van fenotype naar gen
    -random mutagenesis
    -temperatuur gevoelige mutaties
    -linkage analyse, HAPMAP

    Reverse genetics: van gen naar fenotype
    -gen-additie (makkelijk)
    -site-directed mutagenesis
    -transgenen (knock-out)
    -RNA interference
  • Noem 4 technieken van reverse genetics
    gen-additie, site-directed mutagenesis, transgenen, RNA interference
  • Noem 3 technieken bij klassieke genetica
    random mutagenesis, temperatuur gevoelige mutaties en linkage analyse HAPMAP
  • Dus H1:
    Alles was leeft heeft DNA: comparative genomics = veel homologie in DNA (conserved: bacterie -> mens)
    Lengte DNA zegt niets over complexiteit organisme (mens 1,2% van 3x10^9 DNA bp = eiwit coderend.
    Maar: voor veel DNA gebieden is functie nog onbekend. (H7) Voor veel eiwitten is functie nog onbekend. (H8)
  • Dus H7:
    Genenjacht:
    Genomics: stabiel in alle celtypen
    -> diagnose: voorspellende ziektemarkers ?
    Comparative genomics = veel homologie in DNA & Transcriptomics/proteomics
    -> therapie: kandidaat gen (functie)
    Maar: voor veel eiwitten is functie nog onbekend (H8)
  • Random mutagenesis
    Genetische screens= willekeurig mutaties maken (chemisch, bestralen) en het gewenste fenotype isoleren en verder onderzoeken.
    of dmv insertional mutagenesis: bv retrovirus, transposons, voordeel: bekende sequentie in host genoom.
    Mens: modelorganismen, celkweken, patientenmateriaal
  • Wat is random mutagenesis?
    genetische screens = willekeurig mutaties maken en het gewenste fenotype isoleren en verder onderzoeken
  • Functie bepalen door gen-additie
    Gain of funtion:
    - nieuwe activiteit
    -verhoogde expressie (sterke promotor/meerdere kopieen)
    -misexpressie (verkeerd moment/verkeerde plek)
    Loss of function: dominant negatief
  • Site-directed mutagenesis:
    Het aanbrengen van mutaties op locaties van interesse:
    -subtiele verschillen
    -welke onderdelen van eiwit van belang
  • Wat is site-directed mutagenesis?
    Het aanbrengen van mutaties op locaties van interesse.
  • Genetische modificatie
    -dmv homologe recombinatie : inefficient in zoogdieren
    -grote deleties/inserties in gen
    -mutante genen toevoegen
    Dominant negatief mutaties introduceren makkelijker (random) dan genvervanging:
    -gen coderend voor antisense RNA
    -gen coderend voor dominant negatief gemuteerd eiwit
  • Transgenen: gen insertie/deletie/vervanging.
    o.a. knock-outs = gen x functioneert niet meer door deletie of insertie van genetisch materiaal in beide kopieen van gen x.
  • Klonen i.t.t. transgenen: geen nieuwe genetische informatie.
    Genexpressie patronen -> reversibel: mogelijkheid tot klonen.
  • H7: Genexpressie controle
    in 1 organisme > 200 verschillende celtypen.
    Hetzelfde DNA sequentie in iedere cel -> verschillende genexpressieprofielen.
    Deze expressieprofielen worden onthouden tijdens celdeling (= mitotisch stabiel).
  • Verschillende genexpressie profielen per celtype:
    - 2/3 van de genen tot expressie (per celtype)
    - algemene eiwitten in veel celtypen (DNA reparatie/replicatie, metabolisme, cytoskelet).
    - verschillende nivo's (o.a. epigenetica)
    - verschillende eiwitvormen (alternative splicing, post-translationele modificaties).
    - sommige eiwitten alleen in 1 celtype (hemoglobine in rode bloedcellen).
  • Hoe kunnen nieuwe genen ontstaan uit bestaand DNA?
    Intragenic mutation, gene duplication, DNA segment shuffling en horizontal transfer
  • Tijdens ontwikkeling verandert genexpressie om tot verschillende celtypen te komen -> DNA volgorde blijft behouden.
    Zelfde DNA, totaal verschillende genexpressie profielen (lymfocyt, zenuwcel). Wortel -> 1 cel eruit -> juiste omstandigheden -> nieuwe wortel.
    Hele DNA molecuul in alle cellen nog aanwezig -> DNA sequentie.
    Genexpressie-patronen -> reversibel, ook in gedifferentieerde cellen van dieren.
  • Dolle het schaap is een transgeen: DNA uit uiercel -> nieuw schaap genaamd Dolly.
  • IPS-cellen: induced pluripotent stem cells: geen DNA volgorde aanpassing, reprogrammeren zonder kern-transplantatie. Bijv. huidcel -> differentiëren -> cardiomyocyte.
    In tegenstelling tot gentherapie: om blijvende therapeutische effecten te bereiken moet genetisch materiaal in ontvanger genoom geplaatst worden.
  • - Omics: op genome-wide nivo, op een bepaald moment, in een bepaald weefsel.
    1. Genomics: studie van nucleotide sequentie van het gehele DNA.
    2. Epigenomics: studie van epigenetische factoren, over het gehele humane genoom van 1 celtype (epigenoom).
    3. Transcriptomics: studie van alle (eiwitcoderende) RNA transcripten, van 1 celtype (transcriptoom)
    4. Proteomics: studie van alle eiwitten van 1 celtype (proteoom) (meer info dan 1,2,3: alternative splicing, posttranslationele modificaties).
  • Genfuncties: temperatuur gevoelige mutaties, belangrijk bij celregulatie, celcyclus. Celcyclus regulatie genen.
    HAPMAP: blokken van markers/genen in kaart gebracht.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

Wat zijn de lelijke eigenschappen van EPC?
- Endotheelcellen kunnen door EPC worden omgezet naar SMC. Dit kan bijdragen aan atherosclerose via TGF beta op den duur.
- Zodra endotheelcellen door TGF beta zijn verandert in SMC dan verliezen ze hun trombogene activiteit.
- Er ontstaat een fibrotisch fenotype.
Wat zijn de slechte eigenschappen van EPC?
In chronische vasculaire ziekten is er sprake van:
- Een vermindert aantal EPC
- Een verminderde functie van EPC
Wat zijn de goede eigenschappen van EPC?
- EPC bewerkstelligt het herstel van vasculair endotheel dmv paracrine secretie van regeneratieve factoren. 
- EPC kunnen ook transdifferentieren naar mesenchymale celtypen die het vasculaire herstel vergroten. 
Welke 2 factoren zijn vereist voor wondheling?
- vascularisatie
- inflammatie
Wat zijn epitheliale precursor cellen?
Het zijn voorloper epitheelcellen die in het beenmerg zitten. 
Wat is er aan de hand bij inflammatory bowel disease?
Er is sprake van een overexpressie van TLR's.
Wat is het verschil tussen gram positieve en gram negatieve bacterien?
gram positieve bacterien bevatten techeic acid als spikes aan de buitenkant en ze hebben een dikke laag peptidoglycaan. gram negatieve bacaterien hebben lipo-polisachariden. NOD-1 herkent peptidoglycanen.
Welke cellen bevinden zich zoal in de darm?
- paneth cellen
- goblet cellen
- M- cellen
- enterocyten
- enterochromaffine cellen
Wat zijn prebiotica?
Voedingsmiddelen die de groei van bepaalde bacterien stimuleren. 
Wat is een germfree muis?
Een muis zonder microbioom.