Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van Moleculaire biologie en recombinant DNA

• 1 DNA structuur

  Dit is een preview. Er zijn 45 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1
  Laat hier meer flashcards zien

• Hoe is de pentose in oplossing?

  In oplossing zijn de ketting (aldehyde) en ring (-furanose) vormen in equilibrium
  • In DNA en RNA tref je enkel ringen aan

• Welke 5 tautomeren (soort isomeren) zijn er van  D-ribose?

  - aldehyde 
  - α-D-Ribopyranose
  - B -D-Ribopyranose
  - a-D-Ribofuranose   
   - B-D-Ribofuranose

• Wat is pentose puckering?

  - De vijfhoekige furanose ringen kunnen een envelop conformatie aannemen – zgn puckers
  
  - Vier van de vijf atomen zijn dan in één vlak en het 5de zit samen (endo) of tegenover (exo) het C-5’ atoom   
  
  - Bij DNA betreft dit C-2’ of C-3’

• Wat bepalen ring puckers?

  Ring puckers bepalen verschillende torsioniële hoeken van de nucleotide en zodus de 3D conformatie van polynucleotide ketens
  • C-2’ endo is de pucker voor B-DNA
  • C-3’ endo voor RNA en A-DNA

• Waarom vertoont dubbelstrengs DNA een andere geometrie dan B-DNA?

  In dubbelstrengs RNA veroorzaakt de C-2’ endo pucker een conflict tussen fosfaat en de 2’OH groep, die afwezig is in deoxy-ribose. Vandaar dat dsRNA een andere geometrie vertoont dan B-DNA, met name een structuur die verwant is met de A-DNA dubbele helix.

• Wat was een sleutel voor Watson en Crick?

  Eén sleutel voor Watson en Crick was om in te zien dat hun dubbelstreng DNA model met de C-2’ endo vorm van de B-D-furanose ring vorm gebouwd moest worden. De interconversies tussen pucker vormen kosten een paar kilojoules per mol.

• Hoe worden de pyrmidine en purine ringen aan de pentose ringen verbonden?

  N1 van de pyrimidine ring en N9 van de purine ring worden covalent aan C1’ van de pentose ring verbonden via een N-B-glycosyl bond.

• Hoe wordt een N-G-glycosyl bond gevormd?

  Door de verwijdering van twee water elementen ( een hydroxyl groep van de pentose en een waterstof van de base).

• Waar leidt de oxidatie van adenine toe?

  Tot de vorming van Hypoxantine.  Nucleoside versie van Hypoxantine is Inosine. NH2 vervangen door O

• Waar leidt de deaminatie van cytosine toe?

  Deaminatie van Cytidine leidt tot Uridine. NH2 vervangen door O.