Summary Molecular Biology of the Cell, Sixth Edition

-
ISBN-10 1317563751 ISBN-13 9781317563754
169 Flashcards & Notes
12 Students
  • This summary

  • +380.000 other summaries

  • A unique study tool

  • A rehearsal system for this summary

  • Studycoaching with videos

Remember faster, study better. Scientifically proven.

This is the summary of the book "Molecular Biology of the Cell, Sixth Edition". The author(s) of the book is/are Bruce Alberts Alexander Johnson Julian Lewis David Morgan Martin Raff Keith Roberts Peter Walter. The ISBN of the book is 9781317563754 or 1317563751. This summary is written by students who study efficient with the Study Tool of Study Smart With Chris.

PREMIUM summaries are quality controlled, selected summaries prepared for you to help you achieve your study goals faster!

Summary - Molecular Biology of the Cell, Sixth Edition

  • 2 Cell Chemistry and Bioenergetics

  • Wat zijn de vier typen kleine organische moleculen in cellen?
    • suikers
    • vetzuren
    • aminozuren
    • nucleotiden
  • Wat is het verschil tussen enzymen en ribozymen?
    Enzymen zijn eiwitten die dienst doen als katalysatoren, ribozymen zijn delen RNA die dient doen als katalysatoren.
  • Wat is het verschil tussen de catabolic pathways en de anabolic/biosynthetic pathways?
    • catabolisch: afbraak van grotere moleculen tot kleinere, waarbij energie wordt verkregen en kleinere moleculen die dienst doen als bouwstoffen voor de cel. 
    • anabolisch: gebruikt de energie en kleine moleculen voor de synthese van andere moleculen in de cel. 

    Samen vormen deze twee pathways het metabolisme van de cel. 
  • The amount of disorder in a system can be quantified and expressed as the entropy of the system: the greater the disorder, the greater the entropy. Thus, another way to express the second law of thermodynamics is to say that systems will change spontaneously toward arrangements with greater entropy. 

    Hoe is het dan toch mogelijk dat de cel geordend is?
    Een cel is geen geïsoleerd systeem: de cel verkrijgt energie uit de omgeving (voedsel of fotosynthese). De cel gebruikt vervolgens deze energie om orde te creëren in de cel. Hierbij komt een deel van de energie als warmte vrij, die de cel afgeeft aan de omgeving waardoor de chaos in de omgeving toeneemt. Op deze manier neemt toch de entropie van het systeem in zn geheel toe.
  • Wat verstaan we onder aerobic respiration?
    De cel is in staat om energie te verkrijgen uit suikers of andere organische moleculen door koolstof en waterstofatomen te laten reageren met zuurstof om CO2 en H2O te produceren. 
    Aerobic respiration is complementair aan de fotosynthese.
  • Oxideren: het onttrekken van elektronen. Of: zuurstof toevoegen.
    Reductie: het toevoegen van elektronen. Of: waterstof toevoegen.
  • Kan een enzym het evenwicht van een reactie beïnvloeden?
    Nee. Het enzym verlaagt de activeringsenergie voor de reactie X --> Y. Maar het enzym verlaagt daarmee onvermijdelijk ook de activeringsenergie voor de reactie Y --> X met eenzelfde factor.
  • Welke 3 typen bewegingen onderscheiden we op moleculair niveau? (Bewegingen die ervoor zorgen dat enzym en substraat elkaar snel vinden).
    • translational motion (beweging van een molecuul van de ene plek naar een andere) (komt tot stand door diffusie)
    • vibration (snelle bewegingen heen en weer van atomen in covalente bindingen ten opzichte van elkaar)
    • rotation
  • Waar hangt de mate van ontmoeting tussen enzym en substraatmolecuul vanaf?
    De concentratie van het substraat. Het enzym beweegt immers vele malen langzamer dan het substraat en daarom beschouwen we het enzym als stilstaand.
  • What do cell biologists mean by the term “energetically favorable,” and how can this be quantified?
     According to the second law of thermodynamics the universe tends toward maximum disorder (largest entropy or greatest probability). Thus, a chemical reaction can proceed spontaneously only if it results in a net increase in the disorder of the universe. 

    This disorder of the universe can be expressed most conveniently in terms of the free energy of a system.
  • Wat verstaan we onder de vrije energie, G?
    De energie die beschikbaar is om werk/arbeid te verrichten. met arbeid bedoelen we bijvoorbeeld het laten verlopen van chemische reacties. De verandering van G is een directe maat voor de wanorde die gecreëerd wordt wanneer een reactie plaatsvindt.
  • Wat houdt een energetically favorable reaction in termen van de verandering van vrije energie?
    Bij dit type reactie is er een afname van de vrije energie en een toename van de chaos in het systeem. 

    Bij een energetically unfavorable reaction is er dus een toename van vrije energie en een afname van chaos in het systeem.
  • Hoe kan een energetically unfavorable reaction plaatsvinden in de cel?
    Alleen als deze gekoppeld is aan een energetically favorable reaction, waardoor de vrije energie van de reacties samen toch afneemt.
  • Waar hangt de delta G vanaf in een chemische reactie?
    • de opgeslagen energie in elk betrokken molecuul
    • de concentraties van de moleculen in het reactiemengsel
  • Leg uit hoe een evenwicht ontstaat voor de energetically favorable reaction Y --> X.
    Stel we beginnen met gelijke concentraties X en Y. De reactie van Y naar X is in het voordeel, dus die reactie vindt het meest plaats. Echter, door thermal bombardments zal er ook altijd een klein beetje Y gevormd worden uit X, heel langzaam. 

    Uitendelijk is er zoveel X gevormd dat dit compenseert voor de lage snelheid van X-->Y. Het aantal moleculen per tijdseenheid X --> Y is gelijk aan Y --> X. Er onstaat dus een evenwicht: De netto veranderig in X en Y is 0. Delta G voor de reacties beide kanten op is ook 0.
  • Stel de standaard vrije energie van reactie X ---> Y is +5 kJ per mol en van Y --> Z is -13 kJ per mol. Als deze reacties elkaar opvolgen, is de standaard vrije energie voor de gekoppelde reactie gelijk aan - 8 kJ. Op deze manier kan de reactie X---> Y toch plaatsvinden.
  • The energy released by the oxidation of food molecules must be stored temporarily before it can be channeled into the construction of the many other molecules needed by the cell.

    Hoe wordt die energie opgeslagen?
    Meestal als chemische-bindingsenergie in geactiveerde carrier molecules. De carriers slaan energie op in een makkelijk uitwisselbare vorm, dus als een overdraagbare chemische groep of via een elektron met een hoog energieniveau. Een oudere term voor carrier molecules is co-enzym. 

    De meest belangrijke geactiveerde carriers zijn ATP en NADH/NADPH
  • De vorming van activated carrier molecules is een energetisch ongunstige reactie. De oxidatie van organsiche stoffen is echter gunstig. Daarom zijn deze reacties gekoppeld. De hoeveelheid energie die vrijkomt wordt opgeslagen in de chemische binding van het activated carrier molecule.
  • De glycolyse is het voornaamste proces voor de oxidatie van suikers. Glycolyse produceert ATP zonder tussenkomst van zuurstog. Het vindt plaats in het cytosol van de meeste cellen, inclusief anaerobe organismen. In de glycolyse wordt een C-6 omgezet in 2 moleculen pyruvaat (C-3). Voor elk glucosemolecuul worden twee moleculen ATP gehydroliseerd om de eerste stappen van energie te voorzien. Aan het einde van de glycolyse is er een netto winst van twee moleculen ATP per glucosemolecuul. Daarnaast worden 2 moeculen NADH geproduceerd.
  • Op welke wijze vindt oxidatie plaats in de glycolyse?
    NAD + ontrekt elektronen aan enkele C's van het glucosemolecuul (waardoor NADH wordt gevormd).
  • Wat gebeurt er met de 2 NADH-moleculen die gevormd worden tijdens de glycolyse in een aeroob organisme?
    Deze NADH moleculen doneren elektronen aan de elektronen-transport keten. Het overgebleven NAD+ wordt hergebruikt in de glycolyse.
  • Het in het cytosol gevormde pyruvaat wordt getransporteerd naar de mitochondria. Daar wordt het gedecarboxyleerd door het pyruvaat dehydrogenase complex. Het product hiervan is een molecuul CO2, een molecuul NADH en acetyl CoA. Ook vetzuren worden afgebroken tot acetyl CoA.
Read the full summary
This summary. +380.000 other summaries. A unique study tool. A rehearsal system for this summary. Studycoaching with videos.

Latest added flashcards

What is the function of extracellular signal molecules?
These mainly mediate the communication between cells in multi cellular organisms
What is quorum sensing?
Response to chemical signals that are secreted by neighboring cells/bacteria
Hoe wordt de Ran-GTP/Ran-GDP gradiënt in stand gehouden, ook na celdeling?
Ran-GEF zit vast aan chromatine --> daar dus meer Ran-GTP.
Op welke 3 manieren bewegen eiwitten van het ene naar het andere  compartiment?
  1. gated transport (transport tussen kern en cytosol via nuclear pores--> selective gates, maar ook vrije diffusie van kleinere moleculen door deze pores)
  2. protein translocation (transmembrane protein translocators verplaatsen het eiwit vanaf cytosol naar een topologisch andere plaats, vaak ontvouwing nodig om door translocator heen te kunnen) (cytosol naar ER lumen of mitochondria)
  3. vesicular transport (bijv ER naar Golgi), dus alleen tussen topologisch equivalente plekken)
In welke 4 families kun je de intracellulaire compartimenten van een eukaryote cel indelen, op basis van evolutie en topologie?
  1. kern en cytosol, die met elkaar communiceren via kernporiën en dus topologisch equivalent zijn
  2. alle organellen die dienst doen in de secretie pathways en endocytic pathways, dus ER, Golgi, endosomen, vesicles, peroxisomen
  3. mitochondria
  4. chloroplasten (planten)
Wat zijn peroxisomen?
Kleine vesiculaire compartimenten die enzymen bevatten die gebruikt worden in verschillende oxidatieve reacties.
Wat is het belang van K+ leak channels?
  • Deze kanalen staan open, ook in een niet gestimuleerde/resting cel. 
  • doordat het plasmamembraan meer permeabel is voor kalium dan voor andere ionen door deze kanalen, spelen ze een belangrijke rol in het in stand houden van het membraanpotentiaal van plasmamembranen. 
Of een ionkanaal open staat of niet kan op veel verschillende manieren worden bepaald. Geef de verschillende varianten (...gated channel)
  • voltage-gated channels
  • mechanically gated channels
  • ligand-gated channels
  • transmitter-gated channels
  • ion-gated channels
  • nucleotide-gated channels
  • eiwit fosforylatie en defosforylatie
Leg uit wat ABC transporters zijn.
  • grootste klasse van membraantransporteiwitten. 
  • ATP-binding cassettes: 2 domeinen waar ATP bindt
  • cytosolische kant membraan
  • ATP binding brengt de twee ATPase domeinen samen, ATP hydrolyse zorgt voor dissociatie. bewegingen van de cytosolische domeinen --> bewegingen van transmembraandelen --> energie voor transport solutes. 
Waarom wordt de natriumkaliumpomp electrogenic genoemd?
De pomp transporteert 3 natrium naar buiten en 2 kalium naar binnen. daardoor ontstaat een elektrisch potentiaal (ladingen!). dit draagt bij aan 10% van de membraanpotentiaal.