Samenvatting GZC I

-
165 Flashcards en notities
1 Studenten
  • Deze samenvatting

  • +380.000 andere samenvattingen

  • Een unieke studietool

  • Een oefentool voor deze samenvatting

  • Studiecoaching met filmpjes

Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.

Samenvatting - GZC I

  • 1 HC1. Moleculen van de cel

  • Waarom is het als arts belangrijk om te weten hoe cellen werken?
    Dysfunctie van cellen leidt tot ziekte
  • Welk percentage van het lichaam bestaat uit water?
    70%
  • Wat is een amplifatisch molecuul?
    Heeft een hydrofiel en hydrofoob gedeelte
  • Welke twee soorten monosacharide zijn er?
    Leg uit
    - Aldose= einde van de keten dubbele binding
    - Ketose = midden van de keten dubbele binding
  • Isomeren
    Zelfde molecuulformule, andere structuurformule. Wel dezelfde enzymatische activiteit
  • 1.1 Eiwitten

  • Wat is een kenmerk van ieder aminozuur?
    deel v aminozuur zonder zijketen= backbone
    twee einden v polipeptideketen:
    · N-terminus-> bevat NH2/NH3 (begin)
    · C-terminus-> bevat COOH/COO- (eind)
  • Hoe ontstaat een eiwit?
    Door een condensatie reactie van twee aminozuren, waardoor er een peptide binding wordt gemaakt
  • Welke soorten aminozuren hebben we?
    Apolaire aminozuren

    polaire te verdelen in:
    · negatief geladen
    · positief geladen
    · ongeladen-> wel delta - en +
  • Welke soorten non- covalente bindingen zijn er?
    · ionbindingen (elektrostatische attractie)-> tussen geladen delen
    · H-bruggen-> tussen NH, OH, C=O
    · van der waals bindingen-> tussen alle moleculen
    · hydrofobe krachten-> wanneer eiwit in waterige oplossing ligt, gaan de apolaire zijketens v eiwit zich groeperen in midden v eiwit en polaire gaan aan buitenkant zitten
  • Wat zorgt voor een 'stabiel' eiwit?
    De hoeveelheid covalente bindingen
  • Hoe vouwt een eiwit?
    - een eiwit heeft geen hulp nodig bij het vouwen. De polaire delen van het eiwit vouwen naar buiten, en de apolaire delen naar de binnenkant van het eiwit.
    - Chaperone eiwitten  helpen het eiwit bij de vouwing
  • Wat houdt 'denaturatie' in?
    Dat een eiwit de dimensionale structuur verliest, door het verbreken van non-covalente bindingen door een bepaalde stof.
  • Wat is de primaire structuur van een eiwit?
    Dit is de aminozuurvolgorde
  • Wat is de secundaire structuur van een eiwit?
    · interacties tussen aminozuren in backbone
                -> H-bruggen tussen delen v backbone (dus niet zijketens) (C=O en NH)

    · Ⲁ-helices= H-brug tussen C=O groep v aminozuur n en NH groep v aminozuur n+ 4 (dus bv tussen 1-5 en 5-9)
    -> ontstaat draaiende structuur
     
    meerdere Ⲁ-helices= coiled coil (bv collageen)
    ꞵ-sheets= H-bruggen tussen 2 naast elkaar liggende stukken v  
    2 soorten:
    1. parallel= N-terminus liggen dezelfde kant op
    2. antiparallel= “ niet zelfde kant op
  • Wat is de tertiaire structuur van een eiwit?
    Dit zorgt voor interactie tussen secundaire structuren, dmv non-covalente bindingen tussen zijketens
  • Wat is de quartenaire structuur van een eiwit?
    Dit ontstaat door interactie tussen meerdere eiwitten (subunits).

    - Denk bijvoorbeeld aan hemoglobine. Deze bestaat uit 2 Alfa- subunits en 2 beta subunits
  • Wat is de functie van een GTP-ase?
    Het actief of inactief maken van een eiwt:
    - GTP binden: eiwit is actief
    - GDP= eiwit is inactief
  • Door welk mechanisme wordt een eiwit herkend als afbraakproduct?
    Ubiquitering
  • 1.2 Eiwitsynthese

  • Wat is transcriptie?
    De vorming van RNA uit DNA
  • Wat is translatie?
    Het omzetten van het RNA in een aminozuurvolgorde
  • Welke 4 stikstofbasen bevat DNA?
    - Adenine
    - Thymine
    - Cytosine 
    - Guanine
  • Welke twee stikstofbasen zijn complementair in het DNA?
    C & G
    A & T
  • Geef de purines
    Adenine en Guanine (twee versmolten ringstructuren)
  • Geef de pyrimidines
    Cytosine en Uracil (één ringstructuur)
  • Welke richting wordt het DNA afgelezen?
    Van 3'- naar de 5' kant.
  • Hoe noem je de studie die bestudeert hoe genen 'uit' en 'aan' gezet kunnen worden?
    Epigenetica
  • Hoe noem je het gedeelte in het DNA waar transcriptie kan plaatsvinden?
    Euchromatine
  • Hoe noem je het gedeelte binnen het DNA waar geen transcriptie kan plaatsvinden?
    Heterochromatine
  • Geef de  verschillende soorten compactie in het DNA
    - DNA is een dubbele helix
    - DNA bindt zich om histonen, histonen zijn onderdeel van nucleosomen
    - De nucleosomen vormen een chromatine vezel
    - De chromatine vezels zijn zelf ook meerdere malen opgevouwen
  • Wat zijn nucleosomen?
    Een stukje DNA gewikkeld om een octameer van histonen
  • Waar in het DNA bevinden heterochromatiden zich vooral?
    Uiteinde van chromosomen, maar ook in de armen van chromosomen
  • Waardoor wordt de mate van compactie bepaald?
    Door modificatie van histonen
  • Geef de verschillen tussen RNA en DNA
    - De suikergroep in RNA is ribose, de suikergroep van DNA is deoxyribose
    - In RNA komt de stikstofbase Uracil voor in plaats van thymine
    - RNA is veel korter dan DNA
    - RNA is voor kortdurige informatieoverdracht, DNA voor langdurige informatieoverdracht
    - RNA is enkelstrengs, DNA dubbelstrengs
  • '' RNA kan processen in het lichaam faciliteren'' waar / niet waar?
    Waar, doordat RNA kan vouwen
  • Geef de verschillende soorten RNA en leg uit
    - mRNA codeert voor eiwitten
    - rRNA, vormt de kern van de structuur van het ribosoom en katalyseert de eiwitsynthese
    - miRNA, reguleert de expressie van genen
    - tRNA, dient als adapter tussen mRNA en aminozuren tijdens de eiwitsynthese
    - Andere niet- coderende RNA's bijvoorbeeld splicing, regulatie van genen en telomeer behoud
  • Geef de stappen van de transcriptie
    - RNA - polymerase bindt aan de promotor (TATA-box)
    -   RNA - polymerase spitst het DNA
    -  De matrijsstreng/ template strand wordt afgelezen. 
    - RNA-polymerase koppelt compementaire nucleotiden. Er groeit een RNA- streng in de 5' naar de 3' - richting.
    - De transcriptie blijft doorgaan totdat het RNA-polymerase een terminator tegenkomet. 
    - De gevormde RNA streng, is ook wel pre-mRNA
  • Welke drie processen moeten plaatsvinden om mRNA te markeren en te helpen met export uit de celkern?
    Polyadenylatie, RNA-capping en splicing
  • Polyadenylatie
    Bij het mRNA wordt er aan de 3'- kant een stukje mRNA weggehaald, en een lange keten adenine geplaatst
  • RNA-capping
    Een vorm van modificatie, de 5'- kant van het mRNA wordt veranderd. Het RNA wordt 'afgestopt' doordat er een guanine nucleotide met een methylgroep wordt vastgemaakt. 
    > van belang voor stabilisatie, export en markering als mRNA
  • Splicing
    Pre mRNA worden de introns en verwijderd, zo kan mRNA uit de nucleus worden getransporteerd.
  • Waar vindt translatie plaats? 
    In de ribosomen in het cytosol of ribosomen aan het ER met behulp van tRNA
  • Codon
    Groep van drie nucleotide basen, die codeert voor een aminozuur
  • tRNA
    TRNA is een gevouwen RNA molecuul en kan binden aan mRNA. Het tRNA zorgt ervoor dat het bijpassende aminozuur wordt gekoppeld aan mRNA
  • TRNA synthetase
    Zorgt ervoor dat het goede aminozuur aan het goede tRNA-molecuul wordt gebonden
  • Wat is de richting van de translatie?
    Deze begint bij het 5'-einde, en richting het 3'- eind
  • Welke drie bindingsplaatsen heeft het ribosoom voor tRNA?
    - Leg uit wat er gebeurd op de bindingsplaatsen
    De A- P- en E- site
    • A-site-> tRNA dat complementair is aan codon op mRNA bindt hier
    • P-site-> aminozuur v tRNA wordt dmv peptidebinding gekoppeld aan peptideketen-> laat tRNA los
    • E-site-> hier verlaat tRNA mRNA
  • Welke richting wordt het eiwit in gevormd?
    Van N- naar C-terminus
  • Geef de bouw van ribosomen (in subunits)

    • kleine-subunit-> bindt tRNAs aan codons v mRNA
    • grote-subunit-> katalyseert de vorming v peptidebindingen tussen aminozuren
  • Geef de stappen voor de translatie
    1. De translatie begint doordat tRNA initiator bindt op de P-site van de kleine subunit van een ribosoom
    2. Kleine subunit bindt aan 5'- eind van het mRNA
    3. De kleine subunit beweegt over het mRNA totdat het een startcodon (AUG>methionine) tegenkomt.
    4. De grote subunit bindt aan de kleine subunit
    5. Er wordt een nieuw tRNA met aminozuur op volgende codon in A-site gebracht
    6. Aminozuur van tRNA op P site bindt aan het aminozuur op de A-site
    7. Het ribosoom schuift een plekje op > initiator tRNA op de E-site gaat weg
    8. Er bindt een nieuw tRNA op de A-site > aminozuur van tRNA op de P-site wordt gebonden aan een aminozuur op de A-site
    9. Enz
    10. Ribosoom leest stofcodon af
    11. Er bindt een release factor op de A-site
    12. Eiwit bindt hierdoor H20 en laat hierdoor tRNA geheel los > nieuw eiwit
    13. Het ribosoom valt uit elkaar > kan naar nieuwe mRNA toe
Lees volledige samenvatting
Deze samenvatting. +380.000 andere samenvattingen. Een unieke studietool. Een oefentool voor deze samenvatting. Studiecoaching met filmpjes.

Laatst toegevoegde flashcards

Hoe wordt DNA-polymerase op zijn plek gehouden op het DNA?
Door middel van sliding clamp
Campthotecin
Dit is een remmer van topoisomerase 1 > DNA raakt in de knoop waardoor er geen celdeling plaats kan vinden. Dit is een medicijn tegen kanker
Welke eiwitten zorgen ervoor dat het enkelstrengs DNA niet meteen waterstofbruggen vormt met het tegenliggende DNA-streng (wanneer het ontbonden is door helicase?)
Single-strand DNA-binding proteins
Hoe heet het eiwit wat de DNA strands ontwindt?
Helicase
Hoe wordt voorkomen dat de DNA strand in de knoop raakt, tijdens het ontwinden?
Door Topoisomerase
Wat is de functie van ligase?
De okazaki fragmenten verbinden en het RNA polymerase door DNA
Wat zijn okazaki fragmenten?
Dit zijn kleine stukjes replicatie bij de lagging strand. Hierbij wordt telkens een nieuwe primase ingebouwd, in de tegengestelde richting van de replicatie vork
Wat is de richting van de replicatie?
Van 5' naar 3'
Hoe heet de plek waar het DNA ontbonden wordt, en wordt gekopieerd?
Replicatievork
Geef de stappen voor de replicatie
1. Replicatie begint bij de replication origin > openen dubbele helix
2. Initiator eiwitten binden
3. RNA polymerase/ primase zorgt voor een primer op de streng= stukje RNA waaraan DNA-polymerase bindt
4. DNA-polymerase leest oude strand en koppelt nucleotide aan elkaar
5. DNA- polymerase kan ene streng wel in 1x kopiëren en andere niet
6. De andere strengt wordt gekopieerd aan de hand van Okazaki fragmenten